More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1687 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 129 aa  266  8.999999999999999e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  94.57 
 
 		 129 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  94.57 
 
 		 129 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  93.8 
 
 		 129 aa  249  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  82.03 
 
 		 166 aa  224  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  82.03 
 
 		 163 aa  223  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  82.03 
 
 		 169 aa  223  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  81.25 
 
 		 182 aa  221  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  84.13 
 
 		 133 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 126 aa  166  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 		 132 aa  160  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  58.73 
 
 		 126 aa  153  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 133 aa  130  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  45.6 
 
 		 131 aa  120  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 132 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 132 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  44.44 
 
 		 133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 130 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  45.24 
 
 		 132 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 136 aa  113  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  42.06 
 
 		 129 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 137 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  42.06 
 
 		 137 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 137 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 140 aa  111  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 141 aa  111  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 132 aa  111  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 136 aa  110  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 136 aa  110  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 134 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 129 aa  110  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 151 aa  110  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 152 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 132 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 128 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 134 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 159 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 132 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 159 aa  107  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 149 aa  107  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.46 
 
 		 135 aa  107  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 138 aa  107  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 137 aa  107  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 155 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.27 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  39.68 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 149 aa  105  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 137 aa  104  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 134 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  39.68 
 
 		 159 aa  103  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 147 aa  103  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 134 aa  103  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 134 aa  103  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 152 aa  103  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 132 aa  103  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 134 aa  103  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 142 aa  103  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 171 aa  103  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 147 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  40.16 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.68 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  40.16 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  41.73 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  40.16 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  40.16 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  40.94 
 
 		 128 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 134 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 134 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 134 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 134 aa  101  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  40.16 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 134 aa  100  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  40.16 
 
 		 136 aa  100  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  39.68 
 
 		 149 aa  100  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 142 aa  100  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 134 aa  100  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 137 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  42.06 
 
 		 132 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>