More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3347 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 144 aa  288  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  67.74 
 
 		 137 aa  181  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 164 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  66.94 
 
 		 142 aa  169  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 142 aa  167  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 183 aa  167  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  66.4 
 
 		 140 aa  167  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  63.2 
 
 		 147 aa  164  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 133 aa  161  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 141 aa  158  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  58.65 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 143 aa  155  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 141 aa  154  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 141 aa  154  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 141 aa  154  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  52.14 
 
 		 154 aa  152  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  60.8 
 
 		 141 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  64.1 
 
 		 141 aa  148  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 136 aa  148  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  56.8 
 
 		 143 aa  147  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  62.39 
 
 		 141 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  45.14 
 
 		 151 aa  141  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  51.09 
 
 		 172 aa  140  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 139 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 137 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 159 aa  132  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  52.42 
 
 		 135 aa  131  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  43.9 
 
 		 135 aa  91.3  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  37.41 
 
 		 155 aa  71.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  35 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  35 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  41.32 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 151 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  33.78 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  37.82 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  34.45 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 184 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  34.17 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  36.22 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 163 aa  63.5  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  33.88 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.01 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.6 
 
 		 159 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  35 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 173 aa  62.8  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2435  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.01 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  33.09 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4984  MerR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000669635 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.33 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.33 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0495  MerR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3439  MerR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.408622 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.22 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  32.35 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  33.82 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 164 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  36.97 
 
 		 171 aa  60.8  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000370461  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2950  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 161 aa  60.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  34.71 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.88 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  31.97 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.88 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.88 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.88 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.88 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>