More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0423 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 140 aa  278  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  65.47 
 
 		 147 aa  188  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  66.92 
 
 		 137 aa  181  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  64.75 
 
 		 164 aa  176  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 183 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  63.64 
 
 		 172 aa  169  9e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 143 aa  169  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  66.4 
 
 		 144 aa  167  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  62.02 
 
 		 139 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  61.24 
 
 		 143 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  64 
 
 		 141 aa  160  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  64 
 
 		 141 aa  160  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  70.15 
 
 		 141 aa  160  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 139 aa  159  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 		 141 aa  158  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  63.2 
 
 		 141 aa  157  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  58.14 
 
 		 137 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  61.6 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  69.23 
 
 		 141 aa  154  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  59.69 
 
 		 139 aa  154  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  62.4 
 
 		 133 aa  152  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  58.87 
 
 		 136 aa  150  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  58.91 
 
 		 159 aa  150  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 154 aa  147  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  54.76 
 
 		 135 aa  147  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 141 aa  143  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  51.61 
 
 		 151 aa  141  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 141 aa  122  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  52.8 
 
 		 135 aa  117  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.77 
 
 		 150 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 143 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  35.61 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  30.83 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  34.17 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 161 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  34.62 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  37.59 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.54 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0631  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.170706 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.52 
 
 		 159 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.66 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.66 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.66 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.66 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4209  putative transcriptional regulator, MerR family  31.5 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  hitchhiker  0.000986554 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  36.97 
 
 		 153 aa  63.2  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 158 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  31.93 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 152 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  27.64 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 158 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  32.77 
 
 		 143 aa  62  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  35.34 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.34 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  31.5 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  33.88 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  44.12 
 
 		 234 aa  60.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.07 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.97 
 
 		 161 aa  60.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>