More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4022 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 141 aa  277  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  98.58 
 
 		 141 aa  274  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  92.2 
 
 		 141 aa  257  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  91.49 
 
 		 141 aa  253  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  91.49 
 
 		 141 aa  253  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  91.49 
 
 		 141 aa  253  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  82.98 
 
 		 141 aa  237  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  67.15 
 
 		 164 aa  177  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  68 
 
 		 147 aa  176  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  66.92 
 
 		 133 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  68.55 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  68.55 
 
 		 183 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  70 
 
 		 141 aa  165  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  68.33 
 
 		 141 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  64 
 
 		 140 aa  160  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  64 
 
 		 143 aa  158  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  57.6 
 
 		 137 aa  156  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  58.65 
 
 		 144 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  58.4 
 
 		 143 aa  154  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 154 aa  153  8e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  57.03 
 
 		 141 aa  152  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 136 aa  148  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  57.48 
 
 		 172 aa  147  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  51.77 
 
 		 151 aa  147  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 159 aa  141  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  50.38 
 
 		 135 aa  135  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 139 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 139 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 137 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 139 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  54.33 
 
 		 135 aa  116  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  34.92 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.33 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 161 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  34.13 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0495  MerR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292362  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  67  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  67  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  67  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  67  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.33 
 
 		 136 aa  67  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  31.65 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5793  transcriptional regulator, MerR family  36.44 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  35.92 
 
 		 158 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  35.25 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.86 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5131  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533425  normal  0.589756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6249  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.256623  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0631  MerR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 158 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.170706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1830  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00524998  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  35.86 
 
 		 153 aa  61.2  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  30.89 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.86 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  29.92 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2087  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183046  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2070  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00505229  normal  0.800786 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2133  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0098213 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1854  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674161  normal  0.0887351 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  42.72 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.5 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  35.83 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  32.5 
 
 		 151 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  30.25 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.83 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.83 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1995  MerR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.414348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1768  MerR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  35.83 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  36.13 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>