More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3164 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
139 aa  288  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  100 
 
 
139 aa  288  1e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  97.84 
 
 
139 aa  283  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  81.68 
 
 
133 aa  230  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.99 
 
 
138 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.99 
 
 
138 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.99 
 
 
138 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.99 
 
 
138 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.99 
 
 
138 aa  213  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  73.33 
 
 
136 aa  213  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  74.44 
 
 
134 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  72.59 
 
 
138 aa  209  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  70.29 
 
 
144 aa  207  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  73.68 
 
 
137 aa  206  8e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.52 
 
 
135 aa  201  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.52 
 
 
135 aa  201  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.775911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  72.52 
 
 
135 aa  201  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  59.85 
 
 
132 aa  160  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0495  MerR family transcriptional regulator  46.32 
 
 
139 aa  140  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292362  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  49.21 
 
 
128 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  48.41 
 
 
128 aa  138  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.37 
 
 
134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 
139 aa  124  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 
149 aa  122  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  46.92 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  46.92 
 
 
134 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  46.15 
 
 
144 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  41.84 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  45.67 
 
 
155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 
132 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 
141 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
130 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.7 
 
 
132 aa  117  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
132 aa  116  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
137 aa  116  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
132 aa  116  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  44.88 
 
 
140 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  40.28 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  41.13 
 
 
152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
147 aa  114  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
134 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
134 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
134 aa  114  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.31 
 
 
135 aa  114  6e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  42.52 
 
 
129 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
132 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
136 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  43.75 
 
 
154 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
139 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
136 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
136 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  45.67 
 
 
128 aa  112  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
171 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.15 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  44.88 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  42.97 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  42.52 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  41.35 
 
 
147 aa  111  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  43.75 
 
 
138 aa  111  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
134 aa  110  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
143 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.94 
 
 
147 aa  110  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
133 aa  110  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
134 aa  110  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 
129 aa  110  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
136 aa  110  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  39.55 
 
 
134 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
159 aa  110  9e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  40.91 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  39.39 
 
 
133 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 
138 aa  107  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  43.65 
 
 
132 aa  107  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
138 aa  107  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
143 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
149 aa  105  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
133 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  40.31 
 
 
132 aa  106  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  39.01 
 
 
142 aa  106  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
143 aa  106  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
149 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  40.16 
 
 
151 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  41.35 
 
 
137 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
137 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
159 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 
159 aa  104  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.37 
 
 
154 aa  104  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.37 
 
 
154 aa  104  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.37 
 
 
154 aa  104  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.37 
 
 
154 aa  104  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 
169 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>