More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1460 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 151 aa  313  7e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 154 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 141 aa  167  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 142 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 142 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 142 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 142 aa  150  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 142 aa  150  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  57.85 
 
 		 183 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 142 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  55.65 
 
 		 147 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  55.04 
 
 		 141 aa  147  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 141 aa  147  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 141 aa  142  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 140 aa  141  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 144 aa  141  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  47.18 
 
 		 143 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  50.41 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 141 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  56.67 
 
 		 141 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  56.67 
 
 		 141 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 143 aa  137  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  46.15 
 
 		 172 aa  137  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 141 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 141 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 141 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  50 
 
 		 135 aa  132  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 136 aa  123  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 137 aa  110  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 139 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  44.27 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  35.25 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4209  putative transcriptional regulator, MerR family  26.87 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  hitchhiker  0.000986554 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  31.01 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.08 
 
 		 161 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  32.52 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  29.17 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  33.08 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  32.26 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  29.75 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.12 
 
 		 138 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  31.71 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.12 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.12 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.12 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 151 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.12 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  31.78 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  34.11 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.35 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  30.08 
 
 		 142 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 155 aa  65.1  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  32.8 
 
 		 146 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  32.79 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.06 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.06 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.06 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.06 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.06 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.71 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  35.2 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  34.13 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2198  transcriptional regulator, MerR family  37.4 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  33.07 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  30.5 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.71 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.35 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.2 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.5 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  33.88 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>