More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001159 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  100 
 
 		 145 aa  298  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  73.1 
 
 		 145 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 145 aa  214  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  71.72 
 
 		 145 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  63.97 
 
 		 147 aa  185  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  59.54 
 
 		 154 aa  173  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  58.78 
 
 		 154 aa  170  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  55.73 
 
 		 162 aa  165  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  51.91 
 
 		 159 aa  156  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  54.96 
 
 		 171 aa  153  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  54.96 
 
 		 171 aa  153  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 149 aa  147  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 164 aa  146  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 159 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 152 aa  142  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 152 aa  142  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 155 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  51.13 
 
 		 152 aa  136  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 162 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 143 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 138 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  47.33 
 
 		 152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 137 aa  127  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  45.8 
 
 		 152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 149 aa  120  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 117 aa  84.3  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 120 aa  77  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 136 aa  74.7  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  39.62 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  39.62 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.71 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.87 
 
 		 138 aa  70.1  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 158 aa  69.7  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 158 aa  69.7  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  38.94 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.87 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.87 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.87 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.87 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  33.08 
 
 		 151 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4673  transcriptional regulator, MerR family  29.84 
 
 		 145 aa  67  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156077  normal  0.0201833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  35.14 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  33.06 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  34.4 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.33 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0714  putative transcriptional regulator, MerR family  30.16 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  39.42 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.06 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1943  transcriptional regulator of MerR family protein  37.25 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.555422  normal  0.0105773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  36 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 152 aa  63.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 154 aa  63.5  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 140 aa  63.5  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  31.45 
 
 		 147 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  31.75 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  34.38 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  36.08 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4014  MerR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  37.39 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 117 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  38.32 
 
 		 133 aa  62  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  31.78 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1155  transcriptional regulator, MerR family  41.11 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0258201  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  36.27 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  31.25 
 
 		 154 aa  62  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 171 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  31.25 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  34.19 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  33.87 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>