More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1595 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 139 aa  278  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  96.4 
 
 		 139 aa  266  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  90.65 
 
 		 139 aa  253  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  86.67 
 
 		 137 aa  233  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  61.83 
 
 		 143 aa  165  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  62.02 
 
 		 140 aa  164  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  56.83 
 
 		 172 aa  155  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  54.81 
 
 		 147 aa  154  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 143 aa  153  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 159 aa  143  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  59.83 
 
 		 141 aa  143  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  142  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 183 aa  143  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 144 aa  142  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  51.94 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 142 aa  140  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 164 aa  140  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 136 aa  140  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 133 aa  137  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  59.83 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  56 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 141 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  48 
 
 		 135 aa  127  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 141 aa  127  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 141 aa  124  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 154 aa  120  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  48.39 
 
 		 135 aa  110  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  43.65 
 
 		 151 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.58 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 158 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 158 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 158 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  31.82 
 
 		 152 aa  65.1  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 146 aa  64.7  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  33.33 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  30.89 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  33.33 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 152 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  30.14 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 171 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  36.94 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  31.39 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.53 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  30.63 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2806  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.11 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.37472  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  32.38 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  31.4 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  36.04 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  35 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  29.37 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.16 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  33 
 
 		 156 aa  58.2  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  33.94 
 
 		 249 aa  57.8  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  44.12 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  27.64 
 
 		 146 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  32.28 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4014  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  32.28 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  29.37 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>