More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3837 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 139 aa  277  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  90.65 
 
 		 139 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  90.65 
 
 		 139 aa  253  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  84.67 
 
 		 137 aa  233  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  61.54 
 
 		 143 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  59.69 
 
 		 140 aa  154  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  60.47 
 
 		 172 aa  152  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 143 aa  149  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  54.14 
 
 		 147 aa  147  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 159 aa  142  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 183 aa  140  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  140  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 142 aa  140  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  51.16 
 
 		 137 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 142 aa  138  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 133 aa  137  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 136 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  58.12 
 
 		 141 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 144 aa  135  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 141 aa  130  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  58.97 
 
 		 141 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 141 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  48 
 
 		 135 aa  125  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 141 aa  124  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 141 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  48.39 
 
 		 135 aa  109  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 158 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 158 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 159 aa  67  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  36.04 
 
 		 146 aa  67  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  34.96 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.43 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  30.08 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  32.5 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  32.5 
 
 		 158 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.75 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  32.84 
 
 		 137 aa  62  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  30.95 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.86 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  31.06 
 
 		 152 aa  60.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  41.67 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2122  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392854  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  33.86 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  30.08 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  30.95 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  34.13 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  31.53 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 161 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  32.2 
 
 		 148 aa  57.8  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  30.48 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  36.04 
 
 		 166 aa  57.4  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 136 aa  57  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 152 aa  57  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 164 aa  57  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  33.94 
 
 		 249 aa  57  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 		 133 aa  57  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  28.83 
 
 		 145 aa  57  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  29.17 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>