More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2821 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 138 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 145 aa  147  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 145 aa  147  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 162 aa  146  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  54.89 
 
 		 159 aa  140  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 147 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 159 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 154 aa  130  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 149 aa  129  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  48.46 
 
 		 145 aa  128  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 162 aa  128  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  50.77 
 
 		 154 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 164 aa  125  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 156 aa  122  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  53.68 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  53.68 
 
 		 152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 152 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 157 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  50.77 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 137 aa  103  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  41.96 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.52 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  38.53 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.52 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  37.61 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 142 aa  68.2  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0466  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 119 aa  67  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  37.96 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  46.77 
 
 		 156 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  33.94 
 
 		 169 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  38.14 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.39 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.29 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.29 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  39.25 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  36.7 
 
 		 144 aa  63.9  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  39.25 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.29 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  44.26 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  44.26 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  38.74 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  44.26 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 123 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  34.91 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  30.48 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  30.25 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  38.32 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  38.74 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  36.99 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 126 aa  62  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>