More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2702 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 159 aa  319  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  97.48 
 
 		 159 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 162 aa  180  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  63.12 
 
 		 143 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 149 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 149 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 149 aa  166  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 149 aa  161  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 154 aa  152  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  55.97 
 
 		 154 aa  149  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 152 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 152 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  51.05 
 
 		 152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 162 aa  143  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  51.91 
 
 		 145 aa  143  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  53.44 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  53.03 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 147 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 156 aa  141  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  49.3 
 
 		 152 aa  141  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 145 aa  140  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 145 aa  140  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 145 aa  138  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 155 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 138 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 157 aa  134  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 164 aa  128  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  42.34 
 
 		 129 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1155  transcriptional regulator, MerR family  42.16 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0258201  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.38 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 117 aa  73.9  0.0000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  36.45 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  43.69 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  35.24 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 120 aa  70.5  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3212  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0356219  normal  0.122177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2198  transcriptional regulator, MerR family  36.7 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  36.19 
 
 		 148 aa  67  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  36.21 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  36.19 
 
 		 148 aa  67  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  38.14 
 
 		 137 aa  67  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  37.04 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  37.37 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  35.92 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  37.86 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  35.92 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  42.67 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  40.22 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.16 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 116 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.85 
 
 		 139 aa  63.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 		 147 aa  63.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1215  transcriptional regulator, MerR family  32.69 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460716  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0693  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  40.85 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  28.87 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2593  MerR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0365897  normal  0.180328 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  34.75 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2916  MerR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 154 aa  62  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221684  normal  0.314176 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  30.7 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  37 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  41.79 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  43.48 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2233  MerR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1816  MerR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0245036  normal  0.855302 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  40.58 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  27.38 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>