More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3477 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 120 aa  236  6.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 117 aa  91.3  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  42.61 
 
 		 152 aa  84.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 164 aa  84  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 152 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 116 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 145 aa  77  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  42.48 
 
 		 152 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  42.48 
 
 		 152 aa  77.4  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  39.17 
 
 		 159 aa  77  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4315  MerR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  38.05 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 132 aa  74.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 156 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  39.81 
 
 		 170 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 147 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  35.77 
 
 		 154 aa  73.6  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 149 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02955  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  31.62 
 
 		 128 aa  73.6  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0202543  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 133 aa  72  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 133 aa  72  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 154 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3731  transcriptional regulator, MerR family  35.83 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4360  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  33.88 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 123 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4384  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1218  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4808  transcriptional regulator, MerR family  35.83 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.820733 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2981  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  42 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02950  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  41.89 
 
 		 131 aa  71.2  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2760  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  39.82 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  36.08 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2675  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 150 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.995117  normal  0.398735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 159 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 159 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27770  predicted transcriptional regulator  34.86 
 
 		 145 aa  70.1  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0224211  normal  0.538153 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0211  transcriptional regulator, MerR family protein  33.91 
 
 		 148 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  36.97 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 146 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 171 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 171 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4954  regulatory protein, MerR  48.44 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00750643 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  34.75 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  42.27 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  33.04 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 157 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.79 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  36.73 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.77 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0238  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  34.21 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  67  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  35.65 
 
 		 144 aa  67  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4673  transcriptional regulator, MerR family  49.21 
 
 		 145 aa  67  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156077  normal  0.0201833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3492  transcriptional regulator, MerR family protein  29.91 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03143  zinc-responsive transcriptional regulator  35.45 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  35.45 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3775  zinc-responsive transcriptional regulator  35.45 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.02383  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  34.71 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  36.28 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  35.45 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  41.94 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  41.94 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  35.45 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  35.29 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  35.45 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  41.94 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  41.94 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1943  transcriptional regulator of MerR family protein  30.36 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.555422  normal  0.0105773 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>