More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3704 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 116 aa  236  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  74.56 
 
 		 116 aa  176  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  55.26 
 
 		 133 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  55.26 
 
 		 133 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 117 aa  83.6  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  45.79 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  38.94 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  38.05 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  44.34 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5384  transcriptional regulator, MerR family  40.34 
 
 		 149 aa  75.5  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0714  putative transcriptional regulator, MerR family  38.6 
 
 		 142 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4673  transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156077  normal  0.0201833 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 120 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  40.17 
 
 		 177 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 171 aa  74.3  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  35.96 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  38.98 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3788  MerR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.318416  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  43.4 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  39.32 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4950  regulatory protein, MerR  38.74 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0034872 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  35.04 
 
 		 153 aa  70.5  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  38.46 
 
 		 173 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0115  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  38.4 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.889131  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  43.62 
 
 		 159 aa  70.5  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.96 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  37.07 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  39.47 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  40.59 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  38.39 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  37.61 
 
 		 171 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  39.47 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  39.66 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  36.61 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  35.14 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  35.04 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  35.04 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 163 aa  68.6  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  35.04 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02955  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  36.94 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0202543  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02950  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  40.4 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  36.61 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 162 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  38.32 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  41.51 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  39.47 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  36.75 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  38.26 
 
 		 151 aa  67.4  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  37.61 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  38.32 
 
 		 129 aa  67  0.00000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  36 
 
 		 129 aa  67  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 152 aa  66.6  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00354  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  33.33 
 
 		 136 aa  66.6  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.784451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.71 
 
 		 132 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  38.05 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  39.47 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  37.61 
 
 		 163 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  38.05 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  38.05 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 117 aa  66.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  38.05 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  37.61 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.09 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  38.32 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  37.14 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01412  Transcriptional regulator MerR  38.71 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  38.32 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>