More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3219 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
147 aa  298  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  69.29 
 
 
154 aa  196  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  68.57 
 
 
154 aa  193  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  70.99 
 
 
171 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  70.99 
 
 
171 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  65.22 
 
 
162 aa  186  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  63.97 
 
 
145 aa  185  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  64.23 
 
 
159 aa  182  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  60.99 
 
 
157 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  63.36 
 
 
145 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  63.36 
 
 
145 aa  176  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  62.6 
 
 
145 aa  175  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  55.73 
 
 
149 aa  156  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  57.89 
 
 
152 aa  150  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  58.78 
 
 
152 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  53.24 
 
 
164 aa  148  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  56.49 
 
 
162 aa  148  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  58.78 
 
 
152 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  55.71 
 
 
152 aa  147  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  58.78 
 
 
155 aa  147  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  56.39 
 
 
152 aa  147  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  53.44 
 
 
159 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  58.02 
 
 
156 aa  146  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  55.73 
 
 
143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 
159 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
137 aa  140  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  54.14 
 
 
138 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 
149 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  41.23 
 
 
117 aa  87  7e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
120 aa  73.9  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 
148 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 
148 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 
139 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  37.1 
 
 
234 aa  68.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
133 aa  67.8  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
142 aa  67.8  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  45.21 
 
 
126 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
149 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  47.76 
 
 
148 aa  67  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  39.34 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.53 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  36.8 
 
 
147 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  40.71 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  33.93 
 
 
128 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  28.57 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  35.38 
 
 
129 aa  65.5  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 
144 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.6 
 
 
139 aa  65.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  35.38 
 
 
129 aa  65.5  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 
133 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 
132 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0714  putative transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
142 aa  65.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  47.76 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  37.14 
 
 
132 aa  65.1  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  39.5 
 
 
137 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 
132 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.33 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  48.53 
 
 
112 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.52 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.33 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.33 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 
123 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 
123 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4523  MerR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  44 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.47 
 
 
144 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  47.76 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 
148 aa  63.5  0.0000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
133 aa  63.5  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  47.76 
 
 
159 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
143 aa  63.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4002  MerR family transcriptional regulator  47.89 
 
 
152 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0080  transcriptional regulator, MerR family  45.45 
 
 
137 aa  62.8  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.671013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
136 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
136 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 
152 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 
132 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 
155 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  41.56 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4537  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  31.4 
 
 
132 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
141 aa  62  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
136 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  31.25 
 
 
128 aa  62.4  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  40.26 
 
 
132 aa  62  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>