More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0117 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 
138 aa  272  1.0000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  71.15 
 
 
137 aa  148  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  58.77 
 
 
124 aa  139  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  57.76 
 
 
119 aa  139  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  60.53 
 
 
150 aa  137  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6549  transcriptional regulator, MerR family  57.76 
 
 
128 aa  133  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135068  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  44.14 
 
 
112 aa  86.7  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
127 aa  85.9  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  45.13 
 
 
117 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  41.23 
 
 
142 aa  83.2  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  41.23 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4735  transcriptional regulator, MerR family  39.67 
 
 
123 aa  79.7  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  43.56 
 
 
149 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
138 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  38 
 
 
126 aa  77.8  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
122 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
127 aa  77.4  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
122 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  36.28 
 
 
122 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
122 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
122 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  36.28 
 
 
122 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  36.28 
 
 
122 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  41.8 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
121 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
121 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  41.28 
 
 
129 aa  74.3  0.0000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  34.68 
 
 
122 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
149 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  37.7 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
149 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  40.74 
 
 
129 aa  72  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  39 
 
 
120 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  35.96 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  35.96 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  39.32 
 
 
122 aa  70.5  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  37.96 
 
 
147 aa  70.1  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  44.23 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  42.5 
 
 
136 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  37.39 
 
 
131 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
116 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  36.07 
 
 
152 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  42.59 
 
 
129 aa  68.2  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
154 aa  67.4  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6614  MerR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
122 aa  67  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 
152 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 
152 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
159 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  39.82 
 
 
125 aa  66.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  40.87 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  46.67 
 
 
125 aa  65.9  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6110  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
128 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.772914  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  37.04 
 
 
132 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
137 aa  66.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
164 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  36 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  39.17 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  36.75 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  34.33 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  37.29 
 
 
154 aa  64.7  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
159 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
128 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7954  putative transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 
119 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  44.58 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
145 aa  64.7  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  38.18 
 
 
123 aa  63.9  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
116 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6523  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
128 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0471751  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6757  MerR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
128 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288009  normal  0.0279244 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
147 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
163 aa  63.5  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 
132 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
155 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6346  MerR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
128 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  35.19 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
128 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  37.96 
 
 
129 aa  63.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  40.71 
 
 
148 aa  62.4  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6040  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
128 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  45.71 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
132 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0466  MerR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
120 aa  61.6  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2841  transcriptional regulator, MerR family  38.53 
 
 
125 aa  61.2  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.429169  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
130 aa  61.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
130 aa  61.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
130 aa  61.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  40.18 
 
 
142 aa  61.6  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.63 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  33.63 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.63 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.63 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.63 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>