More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1056 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1056  transketolase domain-containing protein  100 
 
 		 330 aa  673    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.329928  normal  0.107881 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3434  Transketolase domain protein  52.25 
 
 		 353 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0193049  decreased coverage  0.00000789299 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3049  transketolase-like protein  45.31 
 
 		 330 aa  288  1e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  46.46 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  45.06 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  45.96 
 
 		 328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2587  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  45.9 
 
 		 344 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2775  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  45.9 
 
 		 344 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2504  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  45.59 
 
 		 344 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2779  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  45.59 
 
 		 344 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0388974 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2577  transketolase central region  45.29 
 
 		 344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2803  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  45.29 
 
 		 344 aa  282  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.475124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2824  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  45.29 
 
 		 344 aa  282  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.464105  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2538  acetoin dehydrogenase (TPP-dependent) E1 component beta subunit  45.29 
 
 		 344 aa  282  7.000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2784  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  44.98 
 
 		 344 aa  281  9e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2509  TPP-dependent acetoin dehydrogenase E1 beta-subunit  44.98 
 
 		 344 aa  281  1e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.398705 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1217  Transketolase domain protein  47.98 
 
 		 330 aa  280  3e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  44.75 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0583  Transketolase central region  46.85 
 
 		 344 aa  277  2e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.968763 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  44.27 
 
 		 327 aa  276  3e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3771  Transketolase central region  44.27 
 
 		 327 aa  276  3e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  43.25 
 
 		 327 aa  268  8e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0879  acetoin dehydrogenase, thymine PPi dependent, E1 component, beta subunit  44.97 
 
 		 332 aa  268  1e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1035  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  45.43 
 
 		 337 aa  268  1e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  43.83 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  43.83 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  45.51 
 
 		 330 aa  265  8.999999999999999e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  44.55 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.65 
 
 		 459 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  42.9 
 
 		 325 aa  263  4e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.3 
 
 		 480 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3502  Transketolase central region  42.27 
 
 		 342 aa  262  6e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0335061 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.3 
 
 		 460 aa  261  8e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.68 
 
 		 497 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.3 
 
 		 465 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2404  transketolase, central region  42.94 
 
 		 339 aa  261  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.232287  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.99 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  42.15 
 
 		 327 aa  259  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.96 
 
 		 467 aa  259  5.0000000000000005e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  43.69 
 
 		 325 aa  258  7e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.3 
 
 		 467 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  44.14 
 
 		 328 aa  258  9e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3559  transketolase, central region  40.95 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00351586  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  43.03 
 
 		 343 aa  258  1e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2062  Transketolase domain protein  40.31 
 
 		 327 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.258257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0667  transketolase, central region  43.94 
 
 		 350 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0120  transketolase central region  40.35 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  43.08 
 
 		 325 aa  257  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  41.85 
 
 		 327 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0936  acetoin catabolism protein AcoB  42.73 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  43.34 
 
 		 327 aa  256  5e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  42.77 
 
 		 328 aa  256  5e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.63 
 
 		 449 aa  255  7e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2855  transketolase central region  43.69 
 
 		 327 aa  255  8e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.365672  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.27 
 
 		 465 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  42.59 
 
 		 325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  45.25 
 
 		 340 aa  253  2.0000000000000002e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  39.81 
 
 		 326 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4233  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4066  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0625977  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3904  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.522905  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4181  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000134341 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3913  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit (2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit)  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0083543  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4291  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000939544  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4383  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase subunit beta  43.38 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0906911  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  43.75 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1025  transketolase, central region  39.76 
 
 		 333 aa  253  3e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0434386  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7509  transketolase central region  41.92 
 
 		 335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4049  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.11 
 
 		 463 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0911544  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0963  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.69 
 
 		 327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.897177  normal  0.0354317 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1148  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.11 
 
 		 463 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.236454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1028  transketolase, central region  39.76 
 
 		 333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1880  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.65 
 
 		 468 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2325  acetoin dehydrogenase, E1 component, beta subunit  37.72 
 
 		 346 aa  251  8.000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0554  acetoin dehydrogenase, beta subunit  40.06 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4271  3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase, beta subunit  43.38 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4002  transketolase central region  43.38 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.020695  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  41.36 
 
 		 325 aa  251  1e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.8 
 
 		 464 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0593  transketolase, central region  40.06 
 
 		 340 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.90523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2060  pyruvate dehydrogenase subunit beta  39.63 
 
 		 465 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.56 
 
 		 451 aa  249  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1438  Transketolase central region  44.63 
 
 		 335 aa  250  3e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.64 
 
 		 332 aa  249  3e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.49 
 
 		 474 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4402  Transketolase central region  41.93 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0599  transketolase central region  39.76 
 
 		 340 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315571  normal  0.029192 
 
 
-
 
NC_004310  BR1128  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.19 
 
 		 461 aa  249  5e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.997621  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  39.2 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  43.87 
 
 		 327 aa  249  6e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0349  transketolase, central region  41.43 
 
 		 330 aa  248  7e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0164413  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0318  transketolase, central region  41.61 
 
 		 336 aa  248  7e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.726078  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1086  pyruvate dehydrogenase subunit beta  40.19 
 
 		 448 aa  248  9e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  44.31 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1608  transketolase central region  41.85 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.18 
 
 		 456 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1575  transketolase, central region  41.85 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.68 
 
 		 466 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0912  transketolase, central region  43.87 
 
 		 341 aa  247  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  41.18 
 
 		 480 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>