71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0641 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 90 aa  176  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  83.95 
 
 		 85 aa  136  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  80 
 
 		 90 aa  130  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  80 
 
 		 85 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  77.11 
 
 		 83 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  79.01 
 
 		 94 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 107 aa  123  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  70.93 
 
 		 91 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  69.51 
 
 		 84 aa  118  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  67.06 
 
 		 92 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  69.14 
 
 		 103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  67.07 
 
 		 86 aa  114  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 104 aa  111  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  67.9 
 
 		 85 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 94 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  61.73 
 
 		 103 aa  104  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  72.94 
 
 		 89 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 84 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 85 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 77 aa  94.7  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  66.25 
 
 		 98 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  51.76 
 
 		 154 aa  72  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  41.46 
 
 		 85 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  45.57 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  45.57 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  43.04 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 77 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  39.76 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  35.9 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  41.98 
 
 		 86 aa  53.9  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  41.98 
 
 		 89 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 217 aa  50.4  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 267 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  40.28 
 
 		 276 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  40 
 
 		 100 aa  50.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  43.59 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1517  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 85 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.788491  normal  0.176287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  36.9 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0528  XRE family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 87 aa  47.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16172  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  40.24 
 
 		 82 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  40.48 
 
 		 82 aa  47.4  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 359 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  40 
 
 		 88 aa  47  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 83 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 		 188 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7725  hypothetical protein  38.55 
 
 		 83 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0293136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  42.5 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1230  helix-turn-helix domain-containing protein  40.96 
 
 		 85 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3854  hypothetical protein  37.65 
 
 		 99 aa  45.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  37.97 
 
 		 83 aa  45.1  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 105 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  31.25 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  40.48 
 
 		 89 aa  44.3  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4179  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 92 aa  43.9  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 106 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0603  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000000347962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0399  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4299  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1818  hypothetical protein  38.1 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.31 
 
 		 270 aa  41.6  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1805  hypothetical protein  36.14 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848511 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 68 aa  40  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>