60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3883 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 94 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 84 aa  130  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  74.12 
 
 		 86 aa  130  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  79.27 
 
 		 85 aa  127  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  82.05 
 
 		 90 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 90 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  75 
 
 		 117 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  64.84 
 
 		 92 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  68.54 
 
 		 91 aa  116  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  72.29 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  76.62 
 
 		 83 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  76 
 
 		 94 aa  114  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  70.73 
 
 		 103 aa  113  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  65.17 
 
 		 104 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 107 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  78.05 
 
 		 89 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  75.9 
 
 		 85 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  63.75 
 
 		 103 aa  103  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 84 aa  101  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  68.18 
 
 		 98 aa  89.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 77 aa  88.2  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  46.05 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  41.25 
 
 		 85 aa  60.1  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  41.77 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  45.68 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  45.16 
 
 		 85 aa  56.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 83 aa  55.1  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  46.25 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  37.97 
 
 		 81 aa  51.2  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  50.4  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  38.67 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  33.75 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  44.74 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 359 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 267 aa  48.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  40 
 
 		 276 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  40.26 
 
 		 188 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  37.97 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  35.63 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  42.19 
 
 		 112 aa  43.9  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1565  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 179 aa  43.9  0.0008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  37.04 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3354  transcriptional regulator, XRE family  35.63 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.604997  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  35 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  34.52 
 
 		 82 aa  41.6  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4179  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 92 aa  41.2  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 87 aa  41.2  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1818  hypothetical protein  33.33 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  37.89 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  46.03 
 
 		 341 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7049  hypothetical protein  44.16 
 
 		 90 aa  40.8  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  38.33 
 
 		 340 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.94 
 
 		 270 aa  40.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  38.33 
 
 		 340 aa  40.4  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3775  hypothetical protein  32.14 
 
 		 117 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 		 106 aa  40  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>