40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1301 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  91.14 
 
 		 92 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  88 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  81.01 
 
 		 94 aa  126  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  77.78 
 
 		 90 aa  123  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  71.95 
 
 		 91 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  68.24 
 
 		 94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  79.73 
 
 		 84 aa  114  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 86 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  67.9 
 
 		 90 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 83 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  70.42 
 
 		 89 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  78.26 
 
 		 85 aa  106  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  74.03 
 
 		 85 aa  106  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 104 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  68 
 
 		 107 aa  100  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  64 
 
 		 103 aa  94.4  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 77 aa  94.4  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  64 
 
 		 103 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  64 
 
 		 103 aa  92.8  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  64.29 
 
 		 98 aa  85.5  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 84 aa  84.7  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  46.25 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  46.58 
 
 		 88 aa  57.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  45.21 
 
 		 85 aa  57  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  44.71 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 83 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  45.95 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  38.46 
 
 		 81 aa  47.4  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  43.21 
 
 		 93 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 77 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3775  hypothetical protein  35.37 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  42.11 
 
 		 85 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  35.14 
 
 		 143 aa  42  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 359 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  37.5 
 
 		 90 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  37.84 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  38.46 
 
 		 82 aa  40  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>