61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2611 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 84 aa  161  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  84.52 
 
 		 86 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  81.01 
 
 		 94 aa  130  6e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  78.48 
 
 		 117 aa  120  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  78.48 
 
 		 92 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  83.78 
 
 		 83 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 85 aa  118  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  69.51 
 
 		 90 aa  118  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  72.29 
 
 		 90 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  79.73 
 
 		 85 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  77.33 
 
 		 94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  69.62 
 
 		 103 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 107 aa  107  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 104 aa  107  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  79.52 
 
 		 85 aa  105  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  64.56 
 
 		 103 aa  100  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  65.85 
 
 		 84 aa  99.4  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  63.29 
 
 		 103 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  73.42 
 
 		 89 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 77 aa  92.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  71.21 
 
 		 98 aa  91.3  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  44.05 
 
 		 85 aa  68.6  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  48.72 
 
 		 154 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  43.37 
 
 		 88 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  46.25 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  44.44 
 
 		 85 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  45.68 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 83 aa  55.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  41.46 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  40 
 
 		 90 aa  53.5  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  35.8 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  43.04 
 
 		 89 aa  50.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 88 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 267 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  41.43 
 
 		 276 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  43.04 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  40.26 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 359 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  41.56 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  44.44 
 
 		 82 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  38.67 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1303  hypothetical protein  37.5 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1214  hypothetical protein  37.5 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4179  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  44.62 
 
 		 83 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  43.86 
 
 		 340 aa  41.2  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0603  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000000347962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0399  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 		 84 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  43.86 
 
 		 340 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  42.17 
 
 		 89 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  44.16 
 
 		 94 aa  40.8  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  44.44 
 
 		 341 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>