70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3679 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  100 
 
 		 83 aa  166  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  71.6 
 
 		 88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  71.6 
 
 		 88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 87 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 83 aa  107  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  65.38 
 
 		 94 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7725  hypothetical protein  70.27 
 
 		 83 aa  100  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0293136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  68.42 
 
 		 84 aa  99.4  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0528  XRE family transcriptional regulator  68.92 
 
 		 87 aa  97.8  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16172  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  67.11 
 
 		 84 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  64.86 
 
 		 89 aa  94.7  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1517  XRE family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 85 aa  94  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.788491  normal  0.176287 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7427  hypothetical protein  64.81 
 
 		 73 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  45.95 
 
 		 85 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  39.47 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  40 
 
 		 276 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 267 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  42.17 
 
 		 361 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  39.51 
 
 		 85 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  43.84 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1805  hypothetical protein  42.11 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848511 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  40.54 
 
 		 82 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7049  hypothetical protein  39.71 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4671  hypothetical protein  37.31 
 
 		 87 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  42.86 
 
 		 90 aa  47.8  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1230  helix-turn-helix domain-containing protein  39.73 
 
 		 85 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  37.84 
 
 		 82 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 83 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0207  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0720343  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7736  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 86 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  38.24 
 
 		 338 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7220  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0596093  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  37.88 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4299  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0329  hypothetical protein  37.5 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0612063  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 90 aa  45.1  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  40 
 
 		 93 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 85 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  38.24 
 
 		 338 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  39.68 
 
 		 338 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5561  transcriptional regulator (lambda repressor-like DNA-binding domain)  36.07 
 
 		 1346 aa  43.9  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2273  hypothetical protein  39.06 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  35.82 
 
 		 341 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  41.27 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 84 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  40.26 
 
 		 81 aa  42  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 103 aa  42  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 90 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0324  hypothetical protein  32.89 
 
 		 99 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.929331 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1214  hypothetical protein  35.06 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1506  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6201  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 1350 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.692672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1303  hypothetical protein  32.94 
 
 		 97 aa  41.2  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0293  hypothetical protein  32.43 
 
 		 84 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.770993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 217 aa  40.4  0.009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 103 aa  40  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>