60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4052 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 103 aa  201  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  89.32 
 
 		 103 aa  180  7e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  77.78 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  71.6 
 
 		 84 aa  108  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  64.2 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 85 aa  103  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  62.5 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  65.82 
 
 		 85 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 86 aa  101  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  64.56 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 104 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 117 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  63.29 
 
 		 84 aa  99  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  64 
 
 		 83 aa  95.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  67.02 
 
 		 98 aa  94.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  64 
 
 		 85 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  67.16 
 
 		 85 aa  89  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 77 aa  87.4  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  57.58 
 
 		 89 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  44.3 
 
 		 81 aa  65.5  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  43.04 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  39.51 
 
 		 88 aa  58.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  37.5 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  46.43 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  35.8 
 
 		 90 aa  57  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  39.24 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  41.25 
 
 		 93 aa  57  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  41.79 
 
 		 85 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  38.75 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 83 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3182  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 217 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447184  normal  0.0403938 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  36.25 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1230  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 85 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  38.27 
 
 		 82 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 359 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4179  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  37.8 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1214  hypothetical protein  31.18 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  39.47 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1303  hypothetical protein  31.18 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  33.33 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  33.33 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 84 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1666  PAS sensor protein  39.19 
 
 		 341 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  hitchhiker  0.00438569 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 84 aa  40.8  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0603  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 78 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000000347962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0399  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 78 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  34.18 
 
 		 83 aa  40  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3854  hypothetical protein  33.75 
 
 		 99 aa  40  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>