63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3920 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 92 aa  181  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4118  XRE family transcriptional regulator  90.12 
 
 		 117 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1301  XRE family transcriptional regulator  91.14 
 
 		 85 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  76.74 
 
 		 91 aa  130  5e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1807  XRE family transcriptional regulator  82.28 
 
 		 94 aa  130  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  76.47 
 
 		 90 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 85 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  72.29 
 
 		 86 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2611  XRE family transcriptional regulator  78.48 
 
 		 84 aa  120  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3883  transcriptional regulator, XRE family  64.84 
 
 		 94 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  67.06 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  72.29 
 
 		 85 aa  114  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5172  XRE family transcriptional regulator  68.97 
 
 		 104 aa  114  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00460667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4805  transcriptional regulator, XRE family  72.94 
 
 		 89 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3386  XRE family transcriptional regulator  71.25 
 
 		 83 aa  110  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.449636  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 107 aa  106  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2473  helix-turn-helix domain-containing protein  65.43 
 
 		 103 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2258  XRE family transcriptional regulator  74.7 
 
 		 85 aa  104  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211454  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2926  XRE family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4052  XRE family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1395  XRE family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 84 aa  98.6  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2628  XRE family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 77 aa  92  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.759842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0165  helix-turn-helix domain-containing protein  60.23 
 
 		 98 aa  85.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  45.57 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  42.5 
 
 		 85 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  43.04 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0894  XRE family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 83 aa  57  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0403499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  44.44 
 
 		 85 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_004310  BR0264  hypothetical protein  46.91 
 
 		 86 aa  54.7  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.926101  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1704  hypothetical protein  41.25 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  41.38 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  41.98 
 
 		 89 aa  50.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2974  hypothetical protein  45.57 
 
 		 96 aa  50.8  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.157129 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0256  hypothetical protein  40.51 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 77 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0389  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 359 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  36.71 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  39.76 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  35.44 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3854  hypothetical protein  40 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 87 aa  43.9  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  40.24 
 
 		 82 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2598  putative PAS/PAC sensor protein  41.54 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1860  PAS sensor protein  41.67 
 
 		 340 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  40.23 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1581  PAS sensor protein  41.67 
 
 		 340 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.12161 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3775  hypothetical protein  31.71 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  42.42 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0399  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 78 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0603  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 78 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000000347962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  40.22 
 
 		 94 aa  42  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7725  hypothetical protein  52.38 
 
 		 83 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0293136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 84 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  42.5 
 
 		 84 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1303  hypothetical protein  33.73 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.840388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5034  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 69 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1214  hypothetical protein  33.73 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1517  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 85 aa  40.8  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.788491  normal  0.176287 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>