51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1517 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1517  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
85 aa  173  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.788491  normal  0.176287 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0528  XRE family transcriptional regulator  81.82 
 
 
87 aa  124  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16172  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3020  XRE family transcriptional regulator  73.49 
 
 
84 aa  117  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1209  XRE family transcriptional regulator  78.38 
 
 
88 aa  117  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3526  XRE family transcriptional regulator  78.38 
 
 
88 aa  117  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335208  normal  0.820546 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3071  transcriptional regulator, XRE family  72.29 
 
 
84 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3179  XRE family transcriptional regulator  76.39 
 
 
83 aa  114  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233031  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0714  XRE family transcriptional regulator  76 
 
 
87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.563976  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7725  hypothetical protein  69.51 
 
 
83 aa  104  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0293136  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1039  hypothetical protein  69.33 
 
 
94 aa  98.6  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0953795  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3679  hypothetical protein  67.57 
 
 
83 aa  94  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3835  hypothetical protein  62.67 
 
 
89 aa  88.2  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0821585  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7427  hypothetical protein  67.31 
 
 
73 aa  71.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0933357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1498  hypothetical protein  41.98 
 
 
85 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.152901  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5419  hypothetical protein  41.25 
 
 
82 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal  0.663119 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0335  DNA-binding protein  36.62 
 
 
89 aa  51.2  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.372154  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3328  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
77 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4299  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 
95 aa  50.8  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0163  XRE family transcriptional regulator  44.59 
 
 
85 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.721836  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1782  DNA-binding protein  37.33 
 
 
82 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.684627  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0641  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 
90 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0228908  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3079  hypothetical protein  42.25 
 
 
88 aa  48.9  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1230  helix-turn-helix domain-containing protein  40.3 
 
 
85 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2645  hypothetical protein  38.16 
 
 
143 aa  46.2  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5392  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 
107 aa  46.2  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6376  normal 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7049  hypothetical protein  38.46 
 
 
90 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3594  putative PAS/PAC sensor protein  39.74 
 
 
361 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.419361  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5749  hypothetical protein  40 
 
 
93 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  35.82 
 
 
276 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
267 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5911  putative transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 
105 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.432156 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7736  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 
86 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0324  hypothetical protein  38.57 
 
 
99 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.929331 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1107  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 
91 aa  43.5  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4671  hypothetical protein  38.24 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1805  hypothetical protein  42.03 
 
 
97 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0615  XRE family transcriptional regulator  57.5 
 
 
85 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0174631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1506  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
78 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1557  transcriptional regulator, XRE family  55 
 
 
90 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.684199  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6881  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 
106 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.879707  normal  0.858405 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1298  hypothetical protein  37.66 
 
 
90 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3428  hypothetical protein  36.11 
 
 
85 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.450139  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1531  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 
154 aa  41.6  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5405  XRE family transcriptional regulator  52.5 
 
 
86 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  0.232793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2449  hypothetical protein  29.49 
 
 
88 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4302  hypothetical protein  33.87 
 
 
105 aa  40.8  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  39.34 
 
 
338 aa  40.4  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3920  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 
92 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0132  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
88 aa  40.8  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0293  hypothetical protein  35.94 
 
 
84 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.770993 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  30.3 
 
 
233 aa  40.4  0.008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>