More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0305 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  498  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21038  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
247 aa  204  7e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.585241  normal  0.0114993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 
246 aa  180  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.56 
 
 
239 aa  179  4e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  44.14 
 
 
257 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
272 aa  176  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
272 aa  176  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  175  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
246 aa  175  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  43.6 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
250 aa  172  5.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  171  7.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
252 aa  171  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
262 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
263 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.28835 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
246 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
246 aa  170  2e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
251 aa  170  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
247 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
246 aa  169  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
246 aa  169  4e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
263 aa  168  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
266 aa  168  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.388787  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
257 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
248 aa  167  1e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
248 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
245 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
249 aa  167  2e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
257 aa  166  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
256 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.51 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
282 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
255 aa  166  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
254 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
249 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
254 aa  165  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
248 aa  165  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
260 aa  165  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
272 aa  164  9e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1634  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213832  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  42.91 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.25 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
246 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1466  short-chain alcohol dehydrogenase  39.92 
 
 
267 aa  163  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
256 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.44 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
272 aa  161  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
246 aa  161  9e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.68 
 
 
262 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
249 aa  161  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
243 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.985096  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
256 aa  160  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
253 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
253 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
251 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
246 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
271 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
251 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
255 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
291 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
262 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
249 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
253 aa  159  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  159  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
252 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
257 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
283 aa  159  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 
253 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
257 aa  158  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
302 aa  158  7e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
258 aa  158  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
249 aa  158  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
256 aa  158  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>