241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0569 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0569  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 382 aa  767    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.101548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4391  ABC-2 type transporter  76.66 
 
 		 384 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.567246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3461  ABC-2 type transporter  71.54 
 
 		 383 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0490  hypothetical protein  71.28 
 
 		 383 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0529  ABC-2 type transporter  72 
 
 		 381 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0508  ABC-2 type transporter  72 
 
 		 381 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3637  hypothetical protein  72 
 
 		 383 aa  559  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3811  ABC-2 type transporter  72 
 
 		 383 aa  561  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0533  ABC-2 type transporter  72.04 
 
 		 379 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4087  hypothetical protein  72 
 
 		 378 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0585  ABC-2 type transporter  71.73 
 
 		 382 aa  556  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3743  ABC-2 type transporter  70.03 
 
 		 384 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3727  hypothetical protein  65.87 
 
 		 381 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0414  ABC-2 type transporter  68.91 
 
 		 381 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0480  hypothetical protein  64.87 
 
 		 386 aa  461  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.292724 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0394  ABC-2 type transporter  46.15 
 
 		 397 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0475  ABC-2 type transporter  45.65 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003315  ABC-type multidrug transport system permease component  40.85 
 
 		 383 aa  292  7e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1214  hypothetical protein  41.03 
 
 		 382 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0247305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02437  hypothetical protein  40.33 
 
 		 383 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1842  hypothetical protein  38.2 
 
 		 395 aa  253  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0620  ABC-2 type transporter  33.86 
 
 		 378 aa  229  5e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2702  ABC-2 type transporter  32.2 
 
 		 780 aa  169  6e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4806  ABC-2 type transporter  30.99 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271694  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0651  ABC-2 type transporter  29.07 
 
 		 496 aa  156  6e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0596  ABC-2 type transporter  26.34 
 
 		 395 aa  156  7e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1037  hypothetical protein  29.51 
 
 		 397 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0091  transporter, putative  26.82 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.060558 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1171  hypothetical protein  30.95 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4569  ABC-2 type transporter  29.83 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1024  hypothetical protein  30.9 
 
 		 293 aa  119  9e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20110  hypothetical protein  28.21 
 
 		 377 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.918672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1730  hypothetical protein  29.06 
 
 		 377 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.151004  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0501  ABC-2 type transporter  26.2 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2330  hypothetical protein  23.81 
 
 		 379 aa  89.7  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3062  ABC-2 type transporter  24.84 
 
 		 376 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.191967  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1926  ABC-2 type transporter  26.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0215511 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1927  ABC-2 type transporter  26.73 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.751197  normal  0.0397267 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0182  ABC-type multidrug transport system permease component  22.64 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000192398  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  25.07 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  25.68 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  25.42 
 
 		 382 aa  79.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1187  hypothetical protein  24.54 
 
 		 407 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  22.85 
 
 		 379 aa  73.9  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0479  hypothetical protein  29.33 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.168605 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4807  putative permease component of ABC transporter  24.63 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459012  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2331  hypothetical protein  21.9 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2779  ABC-2 type transporter  23.72 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2683  hypothetical protein  26.53 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25949  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  24.26 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2684  ABC-2 type transporter  23.72 
 
 		 405 aa  69.7  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.020702  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  24.13 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3063  ABC-2 type transporter  23.82 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3744  ABC-2 type transporter  20.69 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  24.47 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0597  hypothetical protein  21.98 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0413  ABC-2 type transporter  23.39 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0858  hypothetical protein  26.15 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137935  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  20.96 
 
 		 371 aa  67  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0619  membrane protein  24.56 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  20.7 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  23.46 
 
 		 384 aa  66.2  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  22.84 
 
 		 376 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1188  hypothetical protein  24.55 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.243694  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0992  ABC-2 type transporter  21.58 
 
 		 391 aa  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1841  hypothetical protein  26.75 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2778  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0112  ABC-2 type transporter  24.93 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0225544  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  21.75 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  23.53 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  22.26 
 
 		 376 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1025  ABC-2 type transporter  21.52 
 
 		 391 aa  63.2  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  27.09 
 
 		 375 aa  62.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  22.07 
 
 		 388 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1797  ABC-2 type transporter  23.42 
 
 		 368 aa  62  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2155  ABC-2 type transporter  24.1 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3461  hypothetical protein  23.63 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0568  ABC-2 type transporter  25.84 
 
 		 387 aa  62  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.094665 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0895  ABC-2 type transporter  23.15 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  21.28 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  20.21 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  22.5 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  23.67 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  21.1 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  24.31 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  24.3 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0217  ABC-2 type transporter  20.57 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.623242  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  24.17 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0528  ABC-2 type transporter  25.66 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.089523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3115  ABC transporter, inner membrane subunit  23.83 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0532  ABC-2 type transporter  25.66 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  23.58 
 
 		 378 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  24.03 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  25.29 
 
 		 376 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4570  ABC-2 type transporter  29.2 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3309  ABC-2 type transporter  26.46 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3812  ABC-2 type transporter  25.66 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188014  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0584  ABC-2 type transporter  25.17 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  21.36 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1213  hypothetical protein  23.83 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0148967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>