48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2620 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2620  putative heat resistant agglutinin 1 signal peptide protein  100 
 
 		 265 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.875915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2621  porin opacity type  40 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1689  outer surface protein  40.77 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1633  outer surface protein  40.77 
 
 		 274 aa  153  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.498994  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3165  porin, opacity type  43.16 
 
 		 282 aa  149  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404093  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3194  surface antigen msp4 family protein  40.77 
 
 		 278 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1225  porin opacity type  42.24 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3602  outer surface protein  37.71 
 
 		 272 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0165827  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3488  surface antigen msp4 family protein  39.48 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.601227  normal  0.0875611 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0921  outer surface protein  32.45 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.470956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1447  outer surface protein  34.34 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0863  outer surface protein  32.12 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0348561  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1226  hypothetical protein  31.2 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3164  hypothetical protein  32.21 
 
 		 227 aa  93.2  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0547681  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3912  hypothetical protein  30.8 
 
 		 280 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1116  hypothetical protein  32.08 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4796  hypothetical protein  29.22 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2971  hypothetical protein  29.46 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1309  hypothetical protein  32.07 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474929  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4111  hypothetical protein  27.75 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.298629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1818  hypothetical protein  28.51 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5305  hypothetical protein  29.81 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4837  hypothetical protein  29.43 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2558  hypothetical protein  31.46 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00491481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4339  porin  27.12 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3066  porin opacity type  31.03 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.236346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4551  porin opacity type  30.04 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4550  porin  26.41 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.957852  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5383  hypothetical protein  30.83 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3065  porin opacity type  30.6 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5304  porin opacity type  30.8 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4836  porin opacity type  31.22 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4662  OmpA/MotB domain-containing protein  28.35 
 
 		 401 aa  59.3  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.287057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5382  porin opacity type  35.43 
 
 		 286 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4728  heat resistant agglutinin 1  35.51 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  32.58 
 
 		 263 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2567  opacity protein and related surface antigens-like protein  27.31 
 
 		 236 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1916  porin opacity type  31.54 
 
 		 206 aa  50.4  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2117  surface antigen msp4 family protein  33.33 
 
 		 203 aa  49.3  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000016508  decreased coverage  0.00195302 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0302  outer surface protein, putative  31.2 
 
 		 195 aa  47.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000982114  unclonable  0.000000660987 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0173  OmpA/MotB domain-containing protein  25.77 
 
 		 364 aa  46.6  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1860  OmpA/MotB domain-containing protein  26.03 
 
 		 359 aa  46.6  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2205  porin, opacity type  26.72 
 
 		 212 aa  45.8  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.570282  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2636  surface antigen msp4 family protein  31.5 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4218  porin opacity type  28.57 
 
 		 238 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528572  normal  0.904253 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0389  heat resistant agglutinin  34.04 
 
 		 181 aa  43.5  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1789  opacity family porin protein  31.91 
 
 		 181 aa  43.9  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0437  OmpA family protein  30.23 
 
 		 340 aa  42.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0802247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>