53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4796 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4796  hypothetical protein  100 
 
 
291 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3912  hypothetical protein  70.79 
 
 
280 aa  387  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1309  hypothetical protein  69.68 
 
 
266 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474929  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1116  hypothetical protein  64.97 
 
 
290 aa  350  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1818  hypothetical protein  67.19 
 
 
257 aa  330  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775304  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2971  hypothetical protein  62.93 
 
 
284 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4111  hypothetical protein  53.94 
 
 
274 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.298629  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2558  hypothetical protein  37.79 
 
 
283 aa  175  9e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00491481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3066  porin opacity type  35.64 
 
 
297 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.236346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5305  hypothetical protein  37.34 
 
 
287 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4837  hypothetical protein  36.69 
 
 
287 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5383  hypothetical protein  36.26 
 
 
288 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4550  porin  34.86 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.957852  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4339  porin  36.84 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3194  surface antigen msp4 family protein  31.36 
 
 
278 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2621  porin opacity type  31.58 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120074  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3602  outer surface protein  32.41 
 
 
272 aa  115  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0165827  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4551  porin opacity type  33.99 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421224  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3488  surface antigen msp4 family protein  31.45 
 
 
278 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.601227  normal  0.0875611 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3165  porin, opacity type  36.5 
 
 
282 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404093  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1689  outer surface protein  32 
 
 
274 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1633  outer surface protein  31.39 
 
 
274 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.498994  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5304  porin opacity type  33.74 
 
 
285 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524745  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3065  porin opacity type  35.34 
 
 
270 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4836  porin opacity type  32.13 
 
 
285 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1225  porin opacity type  31.23 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1226  hypothetical protein  29.28 
 
 
229 aa  90.1  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5382  porin opacity type  33.16 
 
 
286 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0921  outer surface protein  27.03 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.470956  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2620  putative heat resistant agglutinin 1 signal peptide protein  28.17 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.875915  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0863  outer surface protein  28.63 
 
 
284 aa  82.4  0.000000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0348561  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1447  outer surface protein  27.9 
 
 
285 aa  81.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3164  hypothetical protein  25.81 
 
 
227 aa  74.7  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0547681  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  26.16 
 
 
263 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0344  putative outer membrane adhesin  28.92 
 
 
239 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0902734 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0354  putative outer membrane adhesin  28.92 
 
 
239 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.408494 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0335  hypothetical protein  29.41 
 
 
239 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294992  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0347  hypothetical protein  29.41 
 
 
239 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.079065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0802  tia invasion determinant-related protein  27.83 
 
 
219 aa  60.8  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0339  putative outer membrane adhesin  31.29 
 
 
219 aa  60.1  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1545  surface antigen msp4 family protein  25.88 
 
 
213 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000466058 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2567  opacity protein and related surface antigens-like protein  23.86 
 
 
236 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0767  tia invasion determinant-related protein  25.65 
 
 
224 aa  53.1  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.111069  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0226  hypothetical protein  25.51 
 
 
238 aa  52  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4728  heat resistant agglutinin 1  24.07 
 
 
245 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0173  OmpA/MotB domain-containing protein  26.7 
 
 
364 aa  47.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2636  surface antigen msp4 family protein  24 
 
 
222 aa  47.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4218  porin opacity type  24.86 
 
 
238 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528572  normal  0.904253 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1283  hypothetical protein  25.35 
 
 
378 aa  45.8  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2972  porin  30.69 
 
 
285 aa  43.9  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2745  porin  30.69 
 
 
285 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1284  hypothetical protein  22.18 
 
 
378 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1916  porin opacity type  27.08 
 
 
206 aa  42.4  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>