52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1309 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1309  hypothetical protein  100 
 
 
266 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474929  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3912  hypothetical protein  89.1 
 
 
280 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4796  hypothetical protein  69.31 
 
 
291 aa  358  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1818  hypothetical protein  71.19 
 
 
257 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775304  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1116  hypothetical protein  65.11 
 
 
290 aa  339  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2971  hypothetical protein  60.66 
 
 
284 aa  291  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4111  hypothetical protein  53.47 
 
 
274 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.298629  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2558  hypothetical protein  45.93 
 
 
283 aa  189  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00491481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3066  porin opacity type  39.69 
 
 
297 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.236346 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5383  hypothetical protein  37.8 
 
 
288 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4550  porin  36.07 
 
 
316 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.957852  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4837  hypothetical protein  37.4 
 
 
287 aa  136  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5305  hypothetical protein  37.4 
 
 
287 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2621  porin opacity type  32.71 
 
 
275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120074  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4339  porin  36.12 
 
 
330 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3602  outer surface protein  32.16 
 
 
272 aa  115  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0165827  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3165  porin, opacity type  32.03 
 
 
282 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404093  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3194  surface antigen msp4 family protein  28.31 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3488  surface antigen msp4 family protein  28.36 
 
 
278 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.601227  normal  0.0875611 
 
 
-
 
NC_004310  BR1689  outer surface protein  30.53 
 
 
274 aa  98.2  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1633  outer surface protein  29.89 
 
 
274 aa  97.4  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.498994  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1226  hypothetical protein  32.27 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1225  porin opacity type  30.28 
 
 
284 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0921  outer surface protein  31.36 
 
 
284 aa  90.1  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.470956  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0863  outer surface protein  31.76 
 
 
284 aa  89.7  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0348561  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4551  porin opacity type  30.35 
 
 
279 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3065  porin opacity type  31.43 
 
 
270 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5304  porin opacity type  30.31 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524745  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3164  hypothetical protein  28.84 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0547681  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4836  porin opacity type  30.2 
 
 
285 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1447  outer surface protein  28.09 
 
 
285 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2620  putative heat resistant agglutinin 1 signal peptide protein  30.32 
 
 
265 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.875915  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5382  porin opacity type  31.49 
 
 
286 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4728  heat resistant agglutinin 1  28.99 
 
 
245 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0335  hypothetical protein  29.38 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294992  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0339  putative outer membrane adhesin  29.38 
 
 
219 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0347  hypothetical protein  29.38 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.079065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0354  putative outer membrane adhesin  29.38 
 
 
239 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.408494 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0344  putative outer membrane adhesin  29.38 
 
 
239 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0902734 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  29.69 
 
 
263 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0802  tia invasion determinant-related protein  27.15 
 
 
219 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2567  opacity protein and related surface antigens-like protein  24.36 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0226  hypothetical protein  26.6 
 
 
238 aa  53.5  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2083  outer surface protein, putative  27.57 
 
 
195 aa  51.6  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0262207  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1283  hypothetical protein  24.88 
 
 
378 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0173  OmpA/MotB domain-containing protein  27.03 
 
 
364 aa  48.9  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4218  porin opacity type  28.09 
 
 
238 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528572  normal  0.904253 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2636  surface antigen msp4 family protein  23.51 
 
 
222 aa  47.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1435  outer surface protein, putative  31.01 
 
 
202 aa  47.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3201  porin, opacity type  26.7 
 
 
236 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4959  porin, opacity type  26.7 
 
 
236 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1284  hypothetical protein  24.19 
 
 
378 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>