67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4111 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4111  hypothetical protein  100 
 
 
274 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.298629  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4796  hypothetical protein  56.46 
 
 
291 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1116  hypothetical protein  53.04 
 
 
290 aa  261  6e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3912  hypothetical protein  56.14 
 
 
280 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1309  hypothetical protein  53.47 
 
 
266 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474929  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2971  hypothetical protein  50.35 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1818  hypothetical protein  51.84 
 
 
257 aa  223  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775304  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2558  hypothetical protein  39.1 
 
 
283 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00491481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3066  porin opacity type  40.79 
 
 
297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.236346 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5383  hypothetical protein  38.78 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5305  hypothetical protein  37.6 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4837  hypothetical protein  37.6 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4550  porin  36.44 
 
 
316 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.957852  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2621  porin opacity type  31.39 
 
 
275 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120074  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4551  porin opacity type  32.62 
 
 
279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421224  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4339  porin  32.62 
 
 
330 aa  109  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3488  surface antigen msp4 family protein  32.3 
 
 
278 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.601227  normal  0.0875611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3194  surface antigen msp4 family protein  32.3 
 
 
278 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3165  porin, opacity type  30.2 
 
 
282 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404093  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5304  porin opacity type  31.25 
 
 
285 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524745  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3602  outer surface protein  31.56 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0165827  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3065  porin opacity type  33.06 
 
 
270 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0863  outer surface protein  30.36 
 
 
284 aa  97.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0348561  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4836  porin opacity type  30.83 
 
 
285 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_004310  BR1689  outer surface protein  29.85 
 
 
274 aa  96.3  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1633  outer surface protein  29.85 
 
 
274 aa  95.9  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.498994  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0921  outer surface protein  30 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.470956  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1225  porin opacity type  32.52 
 
 
284 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5382  porin opacity type  34.05 
 
 
286 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1226  hypothetical protein  31.37 
 
 
229 aa  90.1  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1447  outer surface protein  29.32 
 
 
285 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2620  putative heat resistant agglutinin 1 signal peptide protein  27.2 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.875915  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3164  hypothetical protein  26.36 
 
 
227 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0547681  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0344  putative outer membrane adhesin  28.49 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0902734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0347  hypothetical protein  28.49 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.079065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0354  putative outer membrane adhesin  28.49 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.408494 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0335  hypothetical protein  28.49 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294992  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1283  hypothetical protein  27.95 
 
 
378 aa  65.9  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  31.09 
 
 
263 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4218  porin opacity type  28.73 
 
 
238 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528572  normal  0.904253 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4728  heat resistant agglutinin 1  27.76 
 
 
245 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1284  hypothetical protein  27.69 
 
 
378 aa  60.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0339  putative outer membrane adhesin  30 
 
 
219 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4959  porin, opacity type  28 
 
 
236 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3201  porin, opacity type  28 
 
 
236 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  27.97 
 
 
228 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  26.22 
 
 
230 aa  51.6  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  26.22 
 
 
230 aa  51.6  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2567  opacity protein and related surface antigens-like protein  24.79 
 
 
236 aa  51.6  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2636  surface antigen msp4 family protein  25.11 
 
 
222 aa  51.2  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0226  hypothetical protein  24.06 
 
 
238 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2487  outer surface protein, putative  30.25 
 
 
186 aa  50.8  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1046  surface antigen msp4 family protein  31.78 
 
 
223 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135468  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.48 
 
 
236 aa  50.4  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3966  opacity protein and related surface antigens-like protein  26.28 
 
 
268 aa  50.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0601337 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0802  tia invasion determinant-related protein  26.7 
 
 
219 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1063  surface antigen Wsp  28.57 
 
 
237 aa  44.3  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  hitchhiker  0.00212087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2083  outer surface protein, putative  30.93 
 
 
195 aa  44.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0262207  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1649  OmpA/MotB domain protein  30.86 
 
 
380 aa  43.5  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0865  OmpA/MotB domain-containing protein  27.53 
 
 
409 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.285654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0309  outer surface protein, putative  28.3 
 
 
190 aa  43.5  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0302  outer surface protein, putative  30.15 
 
 
195 aa  43.9  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000982114  unclonable  0.000000660987 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1545  surface antigen msp4 family protein  28.26 
 
 
213 aa  43.5  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000466058 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2342  hypothetical protein  28.28 
 
 
264 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0767  tia invasion determinant-related protein  27.06 
 
 
224 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.111069  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  27.5 
 
 
254 aa  42.4  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2340  hypothetical protein  31.37 
 
 
242 aa  42  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>