49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1116 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1116  hypothetical protein  100 
 
 
290 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2971  hypothetical protein  76.03 
 
 
284 aa  391  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3912  hypothetical protein  67.12 
 
 
280 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4796  hypothetical protein  65.65 
 
 
291 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1309  hypothetical protein  65.83 
 
 
266 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474929  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1818  hypothetical protein  64.02 
 
 
257 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775304  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4111  hypothetical protein  53.04 
 
 
274 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.298629  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2558  hypothetical protein  40.36 
 
 
283 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00491481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3066  porin opacity type  37.5 
 
 
297 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.236346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4550  porin  37.01 
 
 
316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.957852  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4339  porin  39.34 
 
 
330 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4837  hypothetical protein  34.31 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5305  hypothetical protein  33.99 
 
 
287 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5383  hypothetical protein  34.62 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2621  porin opacity type  30.53 
 
 
275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120074  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3602  outer surface protein  30 
 
 
272 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0165827  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4551  porin opacity type  33.2 
 
 
279 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421224  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3194  surface antigen msp4 family protein  27.66 
 
 
278 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3165  porin, opacity type  31.03 
 
 
282 aa  97.8  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404093  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1226  hypothetical protein  30.45 
 
 
229 aa  96.7  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1633  outer surface protein  31.41 
 
 
274 aa  94.4  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.498994  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3488  surface antigen msp4 family protein  27.66 
 
 
278 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.601227  normal  0.0875611 
 
 
-
 
NC_004310  BR1689  outer surface protein  31.41 
 
 
274 aa  94.4  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3065  porin opacity type  31.6 
 
 
270 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5304  porin opacity type  30.74 
 
 
285 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524745  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4836  porin opacity type  31.47 
 
 
285 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2620  putative heat resistant agglutinin 1 signal peptide protein  32.45 
 
 
265 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.875915  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1225  porin opacity type  29.12 
 
 
284 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0863  outer surface protein  30.58 
 
 
284 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0348561  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3164  hypothetical protein  27.66 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0547681  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0921  outer surface protein  29.88 
 
 
284 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.470956  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5382  porin opacity type  32.77 
 
 
286 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1447  outer surface protein  25.71 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0344  putative outer membrane adhesin  32.34 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0902734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0339  putative outer membrane adhesin  32.34 
 
 
219 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0354  putative outer membrane adhesin  32.34 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.408494 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0226  hypothetical protein  28.64 
 
 
238 aa  60.1  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0335  hypothetical protein  31.55 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294992  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0347  hypothetical protein  31.55 
 
 
239 aa  58.9  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.079065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0802  tia invasion determinant-related protein  28.76 
 
 
219 aa  58.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4728  heat resistant agglutinin 1  29.52 
 
 
245 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2567  opacity protein and related surface antigens-like protein  24.44 
 
 
236 aa  53.1  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  25.15 
 
 
263 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4218  porin opacity type  26.79 
 
 
238 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528572  normal  0.904253 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2083  outer surface protein, putative  25 
 
 
195 aa  45.4  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0262207  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2278  OmpA/MotB domain-containing protein  26.8 
 
 
373 aa  43.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0832  heat resistant agglutinin 1  28.57 
 
 
225 aa  42.7  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000970612  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4662  OmpA/MotB domain-containing protein  26.39 
 
 
401 aa  42.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.287057  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2636  surface antigen msp4 family protein  24.64 
 
 
222 aa  42.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>