55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3912 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3912  hypothetical protein  100 
 
 		 280 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1309  hypothetical protein  89.1 
 
 		 266 aa  470  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.474929  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4796  hypothetical protein  70.79 
 
 		 291 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.22731  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1116  hypothetical protein  66.44 
 
 		 290 aa  367  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1818  hypothetical protein  73.66 
 
 		 257 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2971  hypothetical protein  61.54 
 
 		 284 aa  310  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4111  hypothetical protein  55.44 
 
 		 274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.298629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2558  hypothetical protein  46.94 
 
 		 283 aa  191  9e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00491481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3066  porin opacity type  37.59 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.236346 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5383  hypothetical protein  39.29 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4550  porin  37.14 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.957852  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5305  hypothetical protein  38.89 
 
 		 287 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.193146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4837  hypothetical protein  38.89 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4339  porin  35.87 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2621  porin opacity type  31.93 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3602  outer surface protein  30.71 
 
 		 272 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0165827  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3194  surface antigen msp4 family protein  30.53 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3165  porin, opacity type  31.89 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.404093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3488  surface antigen msp4 family protein  30.96 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.601227  normal  0.0875611 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1226  hypothetical protein  32.68 
 
 		 229 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4551  porin opacity type  33.33 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421224  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1689  outer surface protein  30.3 
 
 		 274 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1633  outer surface protein  29.32 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.498994  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0863  outer surface protein  33.06 
 
 		 284 aa  95.5  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0348561  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1225  porin opacity type  31.85 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0921  outer surface protein  32.64 
 
 		 284 aa  94.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.470956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5304  porin opacity type  31.33 
 
 		 285 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.524745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4836  porin opacity type  31.33 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2620  putative heat resistant agglutinin 1 signal peptide protein  29.5 
 
 		 265 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.875915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3065  porin opacity type  32.03 
 
 		 270 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1447  outer surface protein  32.26 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3164  hypothetical protein  30.3 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0547681  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5382  porin opacity type  32.96 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0339  putative outer membrane adhesin  31.44 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4755  heat resistant agglutinin 1  26.43 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0335  hypothetical protein  31.44 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.294992  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0354  putative outer membrane adhesin  31.44 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.408494 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0344  putative outer membrane adhesin  31.44 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0902734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0347  hypothetical protein  31.44 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.079065 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0802  tia invasion determinant-related protein  28.44 
 
 		 219 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4728  heat resistant agglutinin 1  28.27 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0226  hypothetical protein  25.26 
 
 		 238 aa  54.3  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2567  opacity protein and related surface antigens-like protein  24.36 
 
 		 236 aa  53.1  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2083  outer surface protein, putative  28.34 
 
 		 195 aa  52  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0262207  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1283  hypothetical protein  26.22 
 
 		 378 aa  49.7  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2636  surface antigen msp4 family protein  24.53 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1435  outer surface protein, putative  30.77 
 
 		 202 aa  46.2  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1860  OmpA/MotB domain-containing protein  25.68 
 
 		 359 aa  45.8  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0767  tia invasion determinant-related protein  26.11 
 
 		 224 aa  45.8  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.111069  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4218  porin opacity type  25.27 
 
 		 238 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528572  normal  0.904253 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0173  OmpA/MotB domain-containing protein  25.95 
 
 		 364 aa  45.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1545  surface antigen msp4 family protein  26.25 
 
 		 213 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000466058 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0309  outer surface protein, putative  29.68 
 
 		 190 aa  42.7  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3201  porin, opacity type  24.43 
 
 		 236 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4959  porin, opacity type  24.43 
 
 		 236 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>