More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_18860 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_18860  carbohydrate ABC transporter membrane protein  100 
 
 
316 aa  623  1e-177  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.346815 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.37 
 
 
314 aa  392  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal  0.200389 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.07 
 
 
311 aa  390  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.41 
 
 
306 aa  376  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.81 
 
 
316 aa  308  5.9999999999999995e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
320 aa  289  5.0000000000000004e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.3 
 
 
306 aa  281  7.000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29890  carbohydrate ABC transporter membrane protein  52.46 
 
 
333 aa  278  8e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12850  sn-glycerol-3-phosphate transport integral membrane protein ABC transporter ugpA  51.01 
 
 
303 aa  278  1e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170243  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3529  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
311 aa  257  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.5 
 
 
306 aa  255  7e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
352 aa  237  2e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.3 
 
 
319 aa  237  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.172357  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1529  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
318 aa  229  5e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.165529  normal  0.149292 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
303 aa  224  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.013229  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30860  permease component of ABC-type sugar transporter  43.82 
 
 
350 aa  214  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.99166  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
318 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
318 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  40.82 
 
 
307 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
307 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  38.85 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
299 aa  196  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
310 aa  193  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0630  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  38.77 
 
 
310 aa  193  4e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0698  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  38.77 
 
 
310 aa  193  4e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0604  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.89 
 
 
310 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.89 
 
 
310 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0623  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 
310 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  36.57 
 
 
310 aa  191  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0478  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  36.57 
 
 
310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3289  ABC glycerol-3-phosphate transporter, inner membrane subunit UgpA  39.07 
 
 
293 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
292 aa  189  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0536  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  36.25 
 
 
310 aa  189  8e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0567  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  36.25 
 
 
310 aa  189  8e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3284  maltose-binding periplasmic protein  39.86 
 
 
293 aa  189  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588261  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
293 aa  188  9e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689523  normal  0.199959 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
293 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.01 
 
 
320 aa  186  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
308 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
309 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28370  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.41 
 
 
287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096742  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
316 aa  179  7e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
308 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  35.79 
 
 
315 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06397  hypothetical protein  38.03 
 
 
293 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
309 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
293 aa  175  8e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0106698  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
293 aa  175  8e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0963268  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
321 aa  175  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0656  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.92 
 
 
293 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.552753  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.550241  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0618  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.92 
 
 
293 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.64 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790586  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  38.87 
 
 
287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1265  SN-glycerol-3-phosphate transmembrane ABC transporter protein  35.23 
 
 
293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
290 aa  172  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00066862  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
293 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.412019  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
316 aa  172  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11550  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.07 
 
 
354 aa  171  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.0144146 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
288 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.967188  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
313 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2094  sn-glycerol-3-phosphate transport system, binding protein inner membrane component  34.72 
 
 
293 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.236232  normal  0.396031 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2071  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
345 aa  170  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000672298  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1696  hypothetical protein  36.07 
 
 
292 aa  170  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
310 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3654  glycerol-3-phosphate transporter permease  36.11 
 
 
295 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.702231 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
312 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  40.07 
 
 
301 aa  169  6e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
309 aa  169  6e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1695  hypothetical protein  35.71 
 
 
292 aa  169  7e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
328 aa  168  9e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.92 
 
 
314 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12339  sugar-transport integral membrane protein ABC transporter uspA  38.85 
 
 
290 aa  168  9e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  37.86 
 
 
294 aa  168  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
293 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3961  glycerol-3-phosphate transporter permease  35.76 
 
 
295 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
307 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  37.5 
 
 
293 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0257  glycerol-3-phosphate transporter permease  35.76 
 
 
295 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
307 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
293 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
293 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
315 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0308401  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
293 aa  167  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
317 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
292 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000237389 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0720  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.978604  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
297 aa  166  5e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.235569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
317 aa  166  5e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
299 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
283 aa  166  5e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>