More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11550 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11550  carbohydrate ABC transporter membrane protein  100 
 
 
354 aa  704    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.0144146 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.57 
 
 
330 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.21265 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.92 
 
 
328 aa  428  1e-119  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2071  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.26 
 
 
345 aa  375  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000672298  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 
332 aa  329  4e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.3 
 
 
294 aa  291  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000181172  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.04 
 
 
338 aa  287  2e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.335951  normal  0.466485 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.786552  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  47.17 
 
 
350 aa  281  9e-75  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.72 
 
 
333 aa  276  4e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.276283  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.49 
 
 
309 aa  267  2e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.43514  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  46.62 
 
 
310 aa  253  3e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
312 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.88 
 
 
312 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.746865  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.15 
 
 
302 aa  215  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3986  putative ABC transporter (permease protein)  42.21 
 
 
313 aa  202  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
315 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
294 aa  192  9e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
296 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  38.96 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
293 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
299 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
309 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.179346  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
305 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
296 aa  176  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0515819  normal  0.562108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  36.39 
 
 
306 aa  173  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1304  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  31.29 
 
 
334 aa  171  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00913134  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  39.42 
 
 
305 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0557  ABC transporter, permease protein  33.55 
 
 
308 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0541  ABC transporter, permease protein  33.55 
 
 
308 aa  170  4e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
320 aa  170  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.305055  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
319 aa  169  7e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
300 aa  169  7e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.454536  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
313 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
299 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
294 aa  168  2e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
309 aa  166  8e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.114297  normal  0.0929805 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
305 aa  166  8e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
310 aa  164  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.155614  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02940  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.22 
 
 
318 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
295 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
317 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
295 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
315 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
309 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
312 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  36.79 
 
 
293 aa  159  5e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
316 aa  159  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
303 aa  159  6e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0695484  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
314 aa  159  7e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000089983 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
301 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
320 aa  158  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
322 aa  159  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.300337 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
320 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0295  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  33.67 
 
 
300 aa  158  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
300 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0038089  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4017  carbohydrate ABC transporter permease  34.4 
 
 
294 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
289 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
298 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
291 aa  157  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3574  carbohydrate ABC transporter permease  34.04 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31530  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.85 
 
 
313 aa  156  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.68002  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
308 aa  156  6e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
296 aa  155  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
307 aa  155  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
306 aa  155  9e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
319 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  hitchhiker  0.000205378 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
305 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
313 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.32687 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
352 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
327 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.744275  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
289 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.205446  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
299 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
289 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  34.54 
 
 
320 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  32.72 
 
 
317 aa  153  4e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4576  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
314 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00748515 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
289 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
289 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
314 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
289 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
309 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7706  sugar ABC transporter permease protein  33.33 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.680022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
296 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000144721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>