253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1590 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1590  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 160 aa  322  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.298967  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0270  MarR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 165 aa  152  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  49.69 
 
 		 166 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2559  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 		 179 aa  137  8.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3105  MarR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 180 aa  136  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2254  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 		 175 aa  134  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0799585  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0069  transcriptional regulator, MarR family  46.36 
 
 		 166 aa  130  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2391  MarR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.631724  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2325  transcription regulator protein  46.1 
 
 		 165 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.23825 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1154  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.246648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2120  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1595  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000929046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0255  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1958  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1975  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0792948  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0906  MarR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 164 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.670814  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25260  transcriptional regulator  46 
 
 		 163 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.113734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4366  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 165 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4209  transcriptional regulator, MarR family  48.15 
 
 		 187 aa  125  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3336  MarR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.470257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1653  MarR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 177 aa  124  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.745484 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  41.29 
 
 		 166 aa  124  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1384  MarR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 198 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4184  transcriptional regulator, MarR family  48.87 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3643  transcriptional regulator, MarR family protein  38.85 
 
 		 163 aa  123  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1580  MarR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 177 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0153854  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1200  MarR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 176 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1680  MarR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 176 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.32582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1423  MarR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 191 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2954  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 		 191 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.237643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  43.87 
 
 		 165 aa  120  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2454  MarR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 162 aa  120  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0859924 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1311  MarR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 192 aa  120  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4243  putative transcriptional regulator, MarR family  40.88 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0515432 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2484  transcriptional regulator, MarR family  41.4 
 
 		 163 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105548  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4833  MarR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0190752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2280  hypothetical protein  40.91 
 
 		 162 aa  118  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0154888  normal  0.295989 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1400  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 212 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02201  hypothetical protein  38.78 
 
 		 160 aa  117  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2388  transcriptional regulator, MarR family  44.14 
 
 		 164 aa  117  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.617098  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0254  transcriptional regulator, MarR family  38.36 
 
 		 166 aa  117  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003644  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.989469  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4520  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 168 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.664155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 164 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2765  transcriptional regulator, MarR family  41.61 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2859  MarR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 197 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0087  transcriptional regulator, MarR family  41.45 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1582  MarR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 179 aa  112  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3566  MarR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  37.75 
 
 		 166 aa  112  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5709  MarR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 176 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.054314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2759  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 178 aa  111  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0683  transcriptional regulator, MarR family protein  38.99 
 
 		 167 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.157665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  39.1 
 
 		 168 aa  107  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2777  transcriptional regulator, MarR family  38.36 
 
 		 183 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.975869 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03440  transcriptional regulator, MarR family  37.58 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.495444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0118  transcriptional regulator, MarR family  40.56 
 
 		 164 aa  106  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466512  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4941  transcriptional regulator, MarR family  38.96 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497711  normal  0.847293 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0980  transcriptional regulator, MarR family  38.16 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189308 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0411  regulatory protein, MarR  38.56 
 
 		 164 aa  99.4  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.780525  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0118  transcriptional regulator, MarR family  35.29 
 
 		 194 aa  98.2  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0320638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30230  transcriptional regulator, MarR family  35.26 
 
 		 170 aa  98.2  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.178176 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0991  transcriptional regulator, MarR family  36.6 
 
 		 166 aa  96.7  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0149  transcription regulator protein  36.42 
 
 		 157 aa  96.3  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3853  regulatory protein, MarR  37.91 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.295322  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0868  transcriptional regulator, MarR family  35.53 
 
 		 172 aa  96.3  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.910942  normal  0.3446 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  35.76 
 
 		 170 aa  96.3  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4242  MarR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 172 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.594533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3848  transcriptional regulator, MarR family  36.73 
 
 		 325 aa  95.1  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169227  normal  0.0322518 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3511  transcriptional regulator, MarR family  33.96 
 
 		 161 aa  93.2  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.982804  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2713  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 		 196 aa  92  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1949  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 166 aa  92  3e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1159  MarR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 166 aa  90.5  8e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.462298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1313  regulatory protein MarR  31.61 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26700  transcriptional regulator, MarR family  35.29 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.297674 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3993  transcriptional regulator, MarR family  34.67 
 
 		 169 aa  88.2  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.73498 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1986  transcriptional regulator, MarR family  35.95 
 
 		 161 aa  87.4  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933975  hitchhiker  0.000536979 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0284  MarR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 174 aa  86.7  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.141627  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4112  regulatory protein MarR  33.58 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3159  MarR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2699  transcriptional regulator, MarR family  37.41 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170019  normal  0.0854213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1049  transcriptional regulator, MarR family  36.81 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.894652 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5046  MarR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13350  transcriptional regulator, MarR family  31.75 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.083551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8615  putative transcriptional regulator, MarR family  36.31 
 
 		 180 aa  79.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5658  putative transcriptional regulator, MarR family  33.55 
 
 		 170 aa  77.8  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2531  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2316  transcriptional regulator  35.66 
 
 		 167 aa  77.4  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0741  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 162 aa  71.2  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.476836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3754  transcriptional regulator, MarR family  29.81 
 
 		 178 aa  67.4  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.852787  normal  0.231032 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5723  transcriptional regulator, MarR family  29.56 
 
 		 174 aa  63.9  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.778127 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5309  Transcriptional regulator  31.03 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00683555  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4979  transcriptional regulator, MarR family  28.95 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0372996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7540  transcriptional regulator, MarR family  25.69 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.398486 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5532  transcriptional regulator, MarR family  26.02 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.008053  hitchhiker  0.0000039263 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0842  transcriptional regulator, MarR family  28.08 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.701585 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1756  MarR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763992 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1910  MarR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>