More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5309 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5309  Transcriptional regulator  100 
 
 
165 aa  331  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00683555  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5532  transcriptional regulator, MarR family  60.98 
 
 
175 aa  201  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.008053  hitchhiker  0.0000039263 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02201  hypothetical protein  36.84 
 
 
160 aa  95.9  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  34.84 
 
 
166 aa  91.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3643  transcriptional regulator, MarR family protein  36.49 
 
 
163 aa  90.5  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3336  MarR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
166 aa  90.1  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.470257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2559  transcriptional regulator, MarR family  35.9 
 
 
179 aa  89.4  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5709  MarR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
176 aa  89  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.054314  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3105  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
180 aa  87  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358207  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003644  transcriptional regulator  37.93 
 
 
160 aa  87  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.989469  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2777  transcriptional regulator, MarR family  35.33 
 
 
183 aa  87  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.975869 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2254  transcriptional regulator, MarR family  38.79 
 
 
175 aa  87  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0799585  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1154  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.246648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2120  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1595  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000929046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0255  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1958  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1975  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0792948  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0906  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.670814  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4209  transcriptional regulator, MarR family  37.07 
 
 
187 aa  85.5  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2954  transcriptional regulator, MarR family  35.66 
 
 
191 aa  84.7  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.237643  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1423  MarR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
191 aa  84.7  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1582  MarR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
179 aa  84.7  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4941  transcriptional regulator, MarR family  35.71 
 
 
173 aa  84.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497711  normal  0.847293 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1384  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
198 aa  84.3  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4184  transcriptional regulator, MarR family  37.07 
 
 
174 aa  84  8e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4366  MarR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
165 aa  84  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0270  MarR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1311  MarR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
192 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1949  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
166 aa  82.4  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1159  MarR family transcriptional regulator  40.18 
 
 
166 aa  82.4  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.462298  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1400  MarR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  35.48 
 
 
165 aa  82.4  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0087  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
166 aa  82  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
178 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2759  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
178 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2859  MarR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
197 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0069  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 
166 aa  80.1  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4520  MarR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.664155  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2280  hypothetical protein  32.9 
 
 
162 aa  80.1  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0154888  normal  0.295989 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1580  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
177 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0153854  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1653  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
177 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.745484 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2391  MarR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.631724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3566  MarR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
164 aa  79  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26700  transcriptional regulator, MarR family  35.9 
 
 
162 aa  78.6  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.297674 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
164 aa  78.6  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03440  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.495444  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5723  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
174 aa  77.4  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.778127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4243  putative transcriptional regulator, MarR family  34.87 
 
 
171 aa  77.4  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0515432 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2325  transcription regulator protein  33.33 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.23825 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0868  transcriptional regulator, MarR family  37.93 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.910942  normal  0.3446 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0284  MarR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
174 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.141627  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0991  transcriptional regulator, MarR family  37.11 
 
 
166 aa  75.9  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4112  regulatory protein MarR  37.07 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4833  MarR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0190752 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  39.32 
 
 
168 aa  75.5  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  35.04 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0254  transcriptional regulator, MarR family  33.12 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0118  transcriptional regulator, MarR family  35 
 
 
164 aa  74.7  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466512  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1200  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
176 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1680  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
176 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.32582  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3993  transcriptional regulator, MarR family  38.94 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.73498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0118  transcriptional regulator, MarR family  35.06 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0320638  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0411  regulatory protein, MarR  32.69 
 
 
164 aa  72.8  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.780525  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25260  transcriptional regulator  38.79 
 
 
163 aa  72  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.113734  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2454  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
162 aa  71.6  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0859924 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2484  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
163 aa  71.2  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105548  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2765  transcriptional regulator, MarR family  31.3 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3511  transcriptional regulator, MarR family  32.7 
 
 
161 aa  70.9  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.982804  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3754  transcriptional regulator, MarR family  32.74 
 
 
178 aa  69.3  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.852787  normal  0.231032 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3159  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
164 aa  69.7  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30230  transcriptional regulator, MarR family  37.07 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.178176 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3853  regulatory protein, MarR  32.24 
 
 
162 aa  68.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.295322  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0683  transcriptional regulator, MarR family protein  33.61 
 
 
167 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.157665  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4242  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.594533  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2699  transcriptional regulator, MarR family  36.13 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170019  normal  0.0854213 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5046  MarR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2388  transcriptional regulator, MarR family  33.64 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.617098  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7540  transcriptional regulator, MarR family  31.17 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.398486 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1590  regulatory protein, MarR  31.03 
 
 
160 aa  63.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.298967  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0980  transcriptional regulator, MarR family  32.91 
 
 
179 aa  62.8  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189308 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2713  transcriptional regulator, MarR family  35.34 
 
 
196 aa  63.2  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0374  MarR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
250 aa  61.6  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.724626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0149  transcription regulator protein  32.9 
 
 
157 aa  60.5  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  26.75 
 
 
170 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4979  transcriptional regulator, MarR family  30.38 
 
 
212 aa  59.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0372996 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1049  transcriptional regulator, MarR family  31.86 
 
 
188 aa  59.3  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.894652 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8615  putative transcriptional regulator, MarR family  37.07 
 
 
180 aa  58.9  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1986  transcriptional regulator, MarR family  30.97 
 
 
161 aa  58.2  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933975  hitchhiker  0.000536979 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1675  DNA-binding transcriptional repressor MarR  31.06 
 
 
144 aa  57.4  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2128  DNA-binding transcriptional repressor MarR  31.06 
 
 
144 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.318768  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1640  DNA-binding transcriptional repressor MarR  31.06 
 
 
144 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1732  DNA-binding transcriptional repressor MarR  31.06 
 
 
144 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2144  DNA-binding transcriptional repressor MarR  31.06 
 
 
144 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.517462  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1612  DNA-binding transcriptional repressor MarR  31.06 
 
 
144 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3655  MarR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
163 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00553213  normal  0.217217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01489  DNA-binding transcriptional repressor of multiple antibiotic resistance  30.3 
 
 
144 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0776568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2116  transcriptional regulator, MarR family  30.3 
 
 
144 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000643944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01500  hypothetical protein  30.3 
 
 
144 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.101748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>