More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3643 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3643  transcriptional regulator, MarR family protein  100 
 
 
163 aa  336  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3336  MarR family transcriptional regulator  63.75 
 
 
166 aa  217  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.470257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0683  transcriptional regulator, MarR family protein  63.75 
 
 
167 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.157665  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02201  hypothetical protein  63.12 
 
 
160 aa  213  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003644  transcriptional regulator  60.62 
 
 
160 aa  201  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.989469  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1582  MarR family transcriptional regulator  54.37 
 
 
179 aa  186  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3566  MarR family transcriptional regulator  55 
 
 
164 aa  186  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  54.09 
 
 
178 aa  181  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2759  MarR family transcriptional regulator  54.09 
 
 
178 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2859  MarR family transcriptional regulator  54.09 
 
 
197 aa  179  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2954  transcriptional regulator, MarR family  53.46 
 
 
191 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.237643  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1423  MarR family transcriptional regulator  53.46 
 
 
191 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1384  MarR family transcriptional regulator  53.46 
 
 
198 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1400  MarR family transcriptional regulator  53.46 
 
 
212 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1311  MarR family transcriptional regulator  53.46 
 
 
192 aa  175  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0270  MarR family transcriptional regulator  43.83 
 
 
165 aa  156  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  45.62 
 
 
166 aa  155  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  46.25 
 
 
164 aa  151  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2280  hypothetical protein  43.95 
 
 
162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0154888  normal  0.295989 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4520  MarR family transcriptional regulator  45.57 
 
 
168 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.664155  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3105  MarR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
180 aa  139  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358207  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2484  transcriptional regulator, MarR family  43.59 
 
 
163 aa  138  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105548  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4243  putative transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 
171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0515432 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2777  transcriptional regulator, MarR family  43.12 
 
 
183 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.975869 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4366  MarR family transcriptional regulator  42.58 
 
 
165 aa  134  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  42.86 
 
 
166 aa  133  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4184  transcriptional regulator, MarR family  48.82 
 
 
174 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30230  transcriptional regulator, MarR family  38.36 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.178176 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2559  transcriptional regulator, MarR family  39.62 
 
 
179 aa  132  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2454  MarR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
162 aa  130  7.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0859924 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  39.87 
 
 
170 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5709  MarR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.054314  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0991  transcriptional regulator, MarR family  40.74 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0118  transcriptional regulator, MarR family  43.66 
 
 
164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2254  transcriptional regulator, MarR family  38.12 
 
 
175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0799585  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0868  transcriptional regulator, MarR family  38.51 
 
 
172 aa  128  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.910942  normal  0.3446 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1949  transcriptional regulator, MarR family  37.74 
 
 
166 aa  128  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25260  transcriptional regulator  42.48 
 
 
163 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.113734  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4209  transcriptional regulator, MarR family  48.03 
 
 
187 aa  127  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1975  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0792948  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0906  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.670814  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1154  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.246648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2120  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1958  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1595  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000929046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0255  MarR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2765  transcriptional regulator, MarR family  40.94 
 
 
171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0284  MarR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
174 aa  124  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.141627  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2325  transcription regulator protein  40.25 
 
 
165 aa  124  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.23825 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0118  transcriptional regulator, MarR family  39.62 
 
 
194 aa  124  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0320638  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  41.18 
 
 
165 aa  123  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1590  regulatory protein, MarR  40.25 
 
 
160 aa  123  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.298967  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1580  MarR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
177 aa  123  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0153854  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0980  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
179 aa  123  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189308 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2713  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
196 aa  122  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0149  transcription regulator protein  40 
 
 
157 aa  121  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0069  transcriptional regulator, MarR family  36.67 
 
 
166 aa  121  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0087  transcriptional regulator, MarR family  36.08 
 
 
166 aa  121  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0411  regulatory protein, MarR  37.74 
 
 
164 aa  120  8e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.780525  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8615  putative transcriptional regulator, MarR family  40.99 
 
 
180 aa  119  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2388  transcriptional regulator, MarR family  40.43 
 
 
164 aa  119  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.617098  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1653  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
177 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.745484 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2391  MarR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
164 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.631724  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
168 aa  117  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4941  transcriptional regulator, MarR family  36.88 
 
 
173 aa  115  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497711  normal  0.847293 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0254  transcriptional regulator, MarR family  37.25 
 
 
166 aa  114  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4242  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
172 aa  114  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.594533  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3159  MarR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
164 aa  114  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1200  MarR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
176 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1680  MarR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
176 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.32582  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3853  regulatory protein, MarR  35.62 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.295322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4833  MarR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
171 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0190752 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  40.24 
 
 
166 aa  112  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1159  MarR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.462298  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5046  MarR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
172 aa  108  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3993  transcriptional regulator, MarR family  35.66 
 
 
169 aa  108  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.73498 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1049  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 
188 aa  103  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.894652 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03440  transcriptional regulator, MarR family  33.96 
 
 
169 aa  103  8e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.495444  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26700  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
162 aa  101  5e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.297674 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3511  transcriptional regulator, MarR family  41.86 
 
 
161 aa  99.4  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.982804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2699  transcriptional regulator, MarR family  39.29 
 
 
164 aa  97.1  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170019  normal  0.0854213 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5723  transcriptional regulator, MarR family  34.87 
 
 
174 aa  92.8  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.778127 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5309  Transcriptional regulator  36.49 
 
 
165 aa  90.5  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00683555  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5658  putative transcriptional regulator, MarR family  34.19 
 
 
170 aa  90.5  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401607  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3848  transcriptional regulator, MarR family  30.43 
 
 
325 aa  86.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169227  normal  0.0322518 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13350  transcriptional regulator, MarR family  35.2 
 
 
177 aa  85.5  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.083551  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4112  regulatory protein MarR  31.78 
 
 
179 aa  81.3  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1313  regulatory protein MarR  30.13 
 
 
165 aa  79  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2531  MarR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
173 aa  77.4  0.00000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4979  transcriptional regulator, MarR family  27.52 
 
 
212 aa  77.4  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0372996 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3754  transcriptional regulator, MarR family  29.11 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.852787  normal  0.231032 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1986  transcriptional regulator, MarR family  31.85 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933975  hitchhiker  0.000536979 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5532  transcriptional regulator, MarR family  32.33 
 
 
175 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.008053  hitchhiker  0.0000039263 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0741  transcriptional regulator, MarR family  31.72 
 
 
162 aa  74.3  0.0000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.476836  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2316  transcriptional regulator  33.8 
 
 
167 aa  71.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7540  transcriptional regulator, MarR family  26.9 
 
 
165 aa  70.1  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.398486 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4886  MarR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4616  transcriptional regulator, MarR family  31.21 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.172446  hitchhiker  0.00038288 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4024  MarR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
145 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2057  transcriptional regulator, MarR family  32.23 
 
 
153 aa  63.9  0.000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.240684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>