More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0342 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A0334  LysR family transcriptional regulator SinR  99.05 
 
 		 315 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.997611  normal  0.270233 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0342  LysR-family transcriptional regulator SinR  99.37 
 
 		 315 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.539422  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0342  LysR family transcriptional regulator SinR  100 
 
 		 315 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.140328 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0335  LysR-family transcriptional regulator SinR  99.37 
 
 		 315 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 327 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 306 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0249  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.52 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6116  MarR family transcriptional regulator  27 
 
 		 410 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  26.39 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0246  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  27.91 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001683  transcriptional regulator  30.03 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3062  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  27.52 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  24.74 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 322 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3013  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  27.76 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  26.82 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 303 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.85 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.19 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  26.82 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.66 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  28.66 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0248  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000146756 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  28.66 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>