More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2463 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2463  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
231 aa  460  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2070  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  99.13 
 
 
231 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0342054  normal  0.592732 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2258  amino acid ABC transporter transmembrane protein  90.04 
 
 
231 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.964648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0691  amino acid ABC transporter permease  81.82 
 
 
231 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.522451  normal  0.944357 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4039  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.13 
 
 
231 aa  315  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.97 
 
 
233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0765389 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1430  amino acid ABC transporter permease  51.32 
 
 
233 aa  241  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.813328  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.16 
 
 
233 aa  234  7e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
237 aa  229  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.709473 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4526  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.13 
 
 
232 aa  198  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0892  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.43 
 
 
232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6369  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.48 
 
 
233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2915  glutamine ABC transporter, permease protein  44.29 
 
 
233 aa  181  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.142698  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4214  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.02 
 
 
247 aa  180  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.67 
 
 
598 aa  180  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.87 
 
 
596 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3480  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.91 
 
 
231 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.501916 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  46.23 
 
 
596 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7663  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  41.15 
 
 
235 aa  175  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2587  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.31 
 
 
231 aa  175  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.45 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.219606 
 
 
-
 
NC_003296  RS05399  amino acid ABC transporter transmembrane protein  38.96 
 
 
233 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.66216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4592  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
247 aa  169  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.504039  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4005  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
246 aa  167  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.43 
 
 
596 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4272  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.66 
 
 
247 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4190  polar amino acid ABC transporter permease  39.58 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.012386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4238  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.58 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4164  polar amino acid ABC transporter permease  39.58 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9240  ABC transporter membrane spanning protein  36.44 
 
 
226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.341088  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.83 
 
 
240 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.130009  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3909  amino acid ABC transporter permease  39.05 
 
 
248 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.222479 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1539  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.85 
 
 
240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.441453  normal  0.87599 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6371  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.36 
 
 
235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.494562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4044  ABC transporter permease  37.96 
 
 
248 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
217 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4172  amino acid ABC transporter, permease protein  38.57 
 
 
248 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.364835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36220  putative amino acid permease  42.27 
 
 
238 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0769892  hitchhiker  0.00221047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3087  putative amino acid permease  42.73 
 
 
238 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0192707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46920  putative permease of ABC transporter  37.04 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00588556 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0591  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.19 
 
 
246 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.273036  normal  0.437079 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3756  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  36.05 
 
 
246 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1210  glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein GltJ  35.19 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3430  glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein GltJ  35.19 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3433  glutamate/aspartate transport system permease protein  35.19 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0179732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2621  glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein GltJ  35.19 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0349  glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein GltJ  35.19 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0597857  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3395  glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein GltJ  35.19 
 
 
246 aa  151  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0637  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.62 
 
 
246 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0187  amino acid ABC transporter permease  35.62 
 
 
246 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.62 
 
 
246 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15953  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.12 
 
 
243 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213094  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07310  Amino acid ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
247 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.955107  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.79 
 
 
235 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.604934  normal  0.14164 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1226  hypothetical protein  35.19 
 
 
246 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0128  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.17 
 
 
252 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0565  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.19 
 
 
246 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4478  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.43 
 
 
240 aa  149  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2713  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.19 
 
 
246 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0681  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.96 
 
 
248 aa  149  4e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0400  amino acid ABC transporter permease  36.92 
 
 
242 aa  148  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.123104 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3361  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.05 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0235046  hitchhiker  0.00000227279 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.67 
 
 
218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0458  amino acid ABC transporter permease  36.92 
 
 
242 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0598  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter inner membrane protein  35.62 
 
 
246 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.312716  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4661  amino acid ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 
218 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128052  hitchhiker  2.19299e-21 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.67 
 
 
253 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1620  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.47 
 
 
240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0497895  normal  0.121241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1111  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.23 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.619698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4342  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.23 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.695793  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0608  amino acid ABC transporter permease  35.53 
 
 
218 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0191188  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0552  glutamine ABC transporter permease  35.53 
 
 
218 aa  145  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0304  ABC glutamate/aspartate transporter, inner membrane subunit GltJ  36.57 
 
 
248 aa  145  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0641  amino acid ABC transporter permease  35.53 
 
 
218 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00751047  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0698  amino acid ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 
218 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1070  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.23 
 
 
248 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.988617 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2256  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 
240 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1516  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.44 
 
 
240 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1547  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.09 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.090707  normal  0.921266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2572  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.67 
 
 
246 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0188674 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4763  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
240 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.704992  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1138  amino acid ABC transporter permease  40.85 
 
 
240 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1618  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.85 
 
 
240 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1667  binding-protein-dependent transport system inner membrane component  39.74 
 
 
320 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492454  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.07 
 
 
240 aa  144  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.57318  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.4 
 
 
240 aa  144  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.150798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4544  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.53 
 
 
240 aa  144  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.424386  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4330  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.07 
 
 
240 aa  144  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.152879 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2053  binding-protein-dependent transport system inner membrane component  40.61 
 
 
241 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1181  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.32 
 
 
246 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0647083 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0838  binding-protein-dependent transport system inner membrane component  40.61 
 
 
241 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.751563  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0323  general L-amino acid transport system permease protein aapQ  40.61 
 
 
241 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0738317  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1885  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.61 
 
 
241 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.350912  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1898  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.61 
 
 
241 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.753826  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  34.45 
 
 
714 aa  144  1e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0482  glutamate/aspartate transmembrane ABC transporter protein  35.81 
 
 
242 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0553  glutamine ABC transporter permease  35.53 
 
 
218 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.421713  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0358  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.35 
 
 
242 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0871077  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0709  amino acid ABC transporter, permease protein  36.89 
 
 
218 aa  142  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2449  binding-protein-dependent transport system inner membrane component  40.34 
 
 
241 aa  142  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>