244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3027 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3027  initiation factor 2B related  100 
 
 
320 aa  648    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.390862  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2147  initiation factor 2B related  84.97 
 
 
309 aa  528  1e-149  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000266151  hitchhiker  0.00589649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2012  initiation factor 2B related  46.13 
 
 
310 aa  263  4e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2704  initiation factor 2B related  31.63 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0673  translation initiation factor IF-2B subunit delta  28.21 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1571  initiation factor 2B related protein  32.37 
 
 
283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0074  initiation factor 2B related  29.21 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3347  initiation factor 2B related protein  30.74 
 
 
283 aa  110  3e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.151547  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0331  translation initiation factor, aIF-2BII family  32.17 
 
 
309 aa  107  4e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2269  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.73 
 
 
323 aa  106  6e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0752053 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1262  translation initiation factor IF-2B subunit delta  32.82 
 
 
302 aa  105  1e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156828  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0257  translation initiation factor IF-2B subunit delta  28.63 
 
 
318 aa  99.4  7e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.374492  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2432  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.35 
 
 
320 aa  99.4  7e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2762  translation initiation factor IF-2B subunit delta  28.36 
 
 
331 aa  99.4  7e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00225031  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0557  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.35 
 
 
319 aa  99.4  8e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0282254 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2067  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.27 
 
 
309 aa  97.1  3e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3765  translation initiation factor, aIF-2BI family  35.26 
 
 
345 aa  95.5  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0692423  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2279  initiation factor 2B related  30.52 
 
 
312 aa  95.1  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.14439  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1938  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.29 
 
 
321 aa  94  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0793  translation initiation factor IF-2B subunit delta  28.26 
 
 
307 aa  93.6  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2966  translation initiation factor, aIF-2BII family  31.02 
 
 
351 aa  93.6  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00871533  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0385  initiation factor 2B related  32.54 
 
 
319 aa  93.2  5e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0246  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  29.73 
 
 
345 aa  93.2  6e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0571  translation initiation factor, aIF-2BII family  27.17 
 
 
327 aa  91.3  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2118  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  27.17 
 
 
339 aa  89.7  5e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0846  methylthioribose-1-phosphate isomerase  27.06 
 
 
356 aa  90.1  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0978  translation initiation factor 2B subunit I  35.14 
 
 
338 aa  90.1  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0893546  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2276  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  32.86 
 
 
348 aa  89.7  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3385  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  32.99 
 
 
357 aa  88.6  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3564  initiation factor 2B related protein  31.63 
 
 
505 aa  88.6  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1491  translation initiation factor, aIF-2BI family  32.38 
 
 
353 aa  87.8  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626941  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0510  aIF-2BI family translation initiation factor  29.03 
 
 
346 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0384  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.1 
 
 
331 aa  87.4  3e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.111584  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3749  putative translation initiation factor, aIF-2BI/5-methylthioribose-1-phosphate isomerase  29.91 
 
 
354 aa  87  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1186  translation initiation factor, aIF-2BI family  30.08 
 
 
345 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000144196  normal  0.031954 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2314  translation initiation factor IF-2B subunit delta  28.39 
 
 
318 aa  85.9  8e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0503  translation initiation factor, aIF-2BI family  36.51 
 
 
350 aa  85.9  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10674  predicted protein  29.09 
 
 
290 aa  85.9  9e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.337525  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1041  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  27.06 
 
 
362 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1992  translation initiation factor 2B subunit I  29.27 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0623  putative translation initiation factor, aIF-2BI/5-methylthioribose-1-phosphate isomerase  27.55 
 
 
354 aa  85.5  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.242304  normal  0.23951 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3544  methylthioribose-1-phosphate isomerase  28.87 
 
 
347 aa  84.7  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6765  translation initiation factor, aIF-2BI family  31.77 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0076  translation initiation factor 2B subunit I  29.04 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1175  translation initiation factor 2B subunit I  35.29 
 
 
354 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3300  translation initiation factor, aIF-2BI family  30.95 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2170  aIF-2BI family translation initiation factor  35.29 
 
 
344 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2312  translation initiation factor, aIF-2BI family  35.15 
 
 
378 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1036  translation initiation factor, aIF-2BI family  35.44 
 
 
347 aa  82.4  0.000000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.313313  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0893  translation initiation factor, putative, aIF-2BI family  34.63 
 
 
350 aa  82.4  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.592347  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1015  translation initiation factor, aIF-2BI family  34.63 
 
 
350 aa  82.4  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.253315  unclonable  0.0000000000388932 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1694  aIF-2BI family translation initiation factor  29.39 
 
 
353 aa  82.4  0.000000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1741  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.77 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2731  methylthioribose-1-phosphate isomerase  28.57 
 
 
349 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0228866  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0810  aIF-2BI family translation initiation factor  27.21 
 
 
349 aa  82.4  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2269  translation initiation factor 2B subunit I  30.17 
 
 
349 aa  82.4  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1357  methylthioribose-1-phosphate isomerase  36.22 
 
 
358 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3447  translation initiation factor, aIF-2BI family  29.57 
 
 
342 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1519  aIF-2BI family translation initiation factor  29.75 
 
 
350 aa  81.3  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.889993  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0254  aIF-2BI family translation initiation factor  28.21 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1667  methylthioribose-1-phosphate isomerase  23.75 
 
 
352 aa  80.9  0.00000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000944772  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0703  translation initiation factor 2B subunit I  35.26 
 
 
351 aa  80.9  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000787843 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2613  translation initiation factor, aIF-2BI family  27.42 
 
 
349 aa  80.5  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0169  aIF-2BI family translation initiation factor  25.08 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_002936  DET0518  aIF-2BI family translation initiation factor  29.49 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.294825  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01730  hypothetical protein  36.69 
 
 
386 aa  80.5  0.00000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2541  translation initiation factor, aIF-2BI family  33.33 
 
 
350 aa  80.5  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0072  translation initiation factor 2B subunit I  29.86 
 
 
346 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.25912 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4687  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.3 
 
 
350 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_459  methylthioribose-1-phosphate isomerase  29.49 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.14852  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_61090  translation initiation factor eIF-2B alpha subunit (GCN3)  29.77 
 
 
311 aa  79  0.00000000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.571907 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3948  methylthioribose-1-phosphate isomerase  36.22 
 
 
358 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0029579  normal  0.0349514 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0770  translation initiation factor, aIF-2BI family  34.18 
 
 
366 aa  79  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.301181  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4098  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.92 
 
 
351 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.463174  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3942  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.92 
 
 
351 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1289  methylthioribose-1-phosphate isomerase  24.73 
 
 
364 aa  79  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0889723  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4251  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.92 
 
 
351 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1398  initiation factor 2B related  31.43 
 
 
414 aa  79  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0984  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  31.96 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3816  methylthioribose-1-phosphate isomerase  29.68 
 
 
350 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.732544 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0945  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  29.01 
 
 
342 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1140  translation initiation factor 2B subunit I  29.17 
 
 
342 aa  78.6  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4139  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.54 
 
 
353 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.196624  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1766  methylthioribose-1-phosphate isomerase  34.69 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1543  translation initiation factor, aIF-2BI family  31.75 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0321135  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3596  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.62 
 
 
346 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.82629  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1840  aIF-2BI family translation initiation factor  32.35 
 
 
348 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.635739  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1373  methylthioribose-1-phosphate isomerase  29.45 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18480  putative translation initiation factor, aIF-2BI family  25.84 
 
 
355 aa  77.8  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0224403  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4322  aIF-2BI family translation initiation factor  27.47 
 
 
346 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.394096  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4053  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.54 
 
 
351 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3379  aIF-2BI family translation initiation factor  27.8 
 
 
346 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3774  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.54 
 
 
351 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0964  translation initiation factor, aIF-2BI family  34.68 
 
 
351 aa  77.4  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.518904  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0621  translation initiation factor 2B subunit I  32.98 
 
 
342 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0997628  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0888  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.46 
 
 
343 aa  77  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.332412  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1099  methylthioribose-1-phosphate isomerase  26.54 
 
 
353 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.767768 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0929  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.34 
 
 
344 aa  77  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.119435  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1360  translation initiation factor, aIF-2BI family  27.76 
 
 
342 aa  77  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0559648  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0921  translation initiation factor, aIF-2BI family  34.59 
 
 
342 aa  77  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>