239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3948 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1766  methylthioribose-1-phosphate isomerase  96.09 
 
 
358 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3948  methylthioribose-1-phosphate isomerase  100 
 
 
358 aa  715    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0029579  normal  0.0349514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1357  methylthioribose-1-phosphate isomerase  96.93 
 
 
358 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1373  methylthioribose-1-phosphate isomerase  91.62 
 
 
358 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4079  methylthioribose-1-phosphate isomerase  75.7 
 
 
358 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15800  methylthioribose-1-phosphate isomerase  73.46 
 
 
358 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23250  methylthioribose-1-phosphate isomerase  71.23 
 
 
358 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1960  methylthioribose-1-phosphate isomerase  70.67 
 
 
358 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1744  initiation factor 2 subunit family  71.79 
 
 
358 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3648  methylthioribose-1-phosphate isomerase  71.51 
 
 
365 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.295966  normal  0.479816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1847  methylthioribose-1-phosphate isomerase  70.11 
 
 
358 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0721435  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2493  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  54.68 
 
 
351 aa  340  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1534  translation initiation factor, aIF-2BI family  53.82 
 
 
348 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00735  methylthioribose-1-phosphate isomerase  51.75 
 
 
354 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214802  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0573  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  55.46 
 
 
354 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1974  initiation factor 2 subunit family protein  54.39 
 
 
352 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.299766  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2293  initiation factor 2B alpha/beta/delta  52.31 
 
 
348 aa  306  3e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2124  methylthioribose-1-phosphate isomerase  50.88 
 
 
354 aa  302  7.000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.369854  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1203  translation initiation factor, aIF-2BI family  50.58 
 
 
358 aa  300  4e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0254  aIF-2BI family translation initiation factor  47.84 
 
 
346 aa  298  8e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2043  methylthioribose-1-phosphate isomerase  50 
 
 
354 aa  298  9e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1519  aIF-2BI family translation initiation factor  46.4 
 
 
350 aa  296  5e-79  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.889993  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1360  translation initiation factor, aIF-2BI family  44.57 
 
 
342 aa  287  2e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0559648  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6765  translation initiation factor, aIF-2BI family  49.31 
 
 
369 aa  280  4e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0913  translation initiation factor 2B subunit I  55.09 
 
 
346 aa  279  5e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.659043  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2579  methylthioribose-1-phosphate isomerase  52.05 
 
 
354 aa  279  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0810  aIF-2BI family translation initiation factor  44.86 
 
 
349 aa  279  6e-74  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  45.51 
 
 
343 aa  275  9e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570831  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  45.51 
 
 
343 aa  275  9e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.339634  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2064  aIF-2BI family translation initiation factor  48.15 
 
 
346 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000777983  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3749  putative translation initiation factor, aIF-2BI/5-methylthioribose-1-phosphate isomerase  45.95 
 
 
354 aa  266  4e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0893  translation initiation factor, putative, aIF-2BI family  48.82 
 
 
350 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.592347  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1015  translation initiation factor, aIF-2BI family  48.82 
 
 
350 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.253315  unclonable  0.0000000000388932 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3596  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.61 
 
 
346 aa  264  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.82629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4322  aIF-2BI family translation initiation factor  44.8 
 
 
346 aa  262  6e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.394096  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3765  translation initiation factor, aIF-2BI family  49.14 
 
 
345 aa  262  8e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0692423  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1175  translation initiation factor 2B subunit I  44.25 
 
 
354 aa  261  1e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0072  translation initiation factor 2B subunit I  45.24 
 
 
346 aa  259  6e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.25912 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3379  aIF-2BI family translation initiation factor  45.32 
 
 
346 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1944  translation initiation factor 2B subunit I  46.73 
 
 
352 aa  258  1e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00466755  normal  0.570212 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0648  aIF-2BI family translation initiation factor  47.93 
 
 
348 aa  257  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674044  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2235  translation initiation factor, aIF-2BI family  46.41 
 
 
350 aa  256  3e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0621  translation initiation factor 2B subunit I  43.4 
 
 
342 aa  256  3e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0997628  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2078  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.01 
 
 
353 aa  256  6e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.424406 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0419  translation initiation factor 2B subunit I family (IF-2BI)  41.96 
 
 
347 aa  256  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.04546  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0676  translation initiation factor, aIF-2BI family  42.2 
 
 
339 aa  255  7e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0103604  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0929  translation initiation factor, aIF-2BI family  40.75 
 
 
344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.119435  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0503  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.54 
 
 
350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0076  translation initiation factor 2B subunit I  46.65 
 
 
355 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3544  methylthioribose-1-phosphate isomerase  43.73 
 
 
347 aa  252  6e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2170  aIF-2BI family translation initiation factor  49.72 
 
 
344 aa  252  8.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1881  aIF-2BI family translation initiation factor  43.52 
 
 
345 aa  251  1e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4334  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  50 
 
 
337 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2717  methylthioribose-1-phosphate isomerase  46.29 
 
 
349 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.143544  normal  0.136837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3396  methylthioribose-1-phosphate isomerase  46.29 
 
 
349 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0191  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.81 
 
 
348 aa  250  3e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0964  translation initiation factor, aIF-2BI family  50.75 
 
 
351 aa  249  4e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.518904  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0510  aIF-2BI family translation initiation factor  45.05 
 
 
346 aa  249  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0779  S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase  43.58 
 
 
346 aa  248  9e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.404257  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4687  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.81 
 
 
350 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2613  translation initiation factor, aIF-2BI family  39.38 
 
 
349 aa  248  1e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_459  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.84 
 
 
332 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.14852  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2173  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  43.8 
 
 
366 aa  248  1e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0518  aIF-2BI family translation initiation factor  44.84 
 
 
334 aa  247  2e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.294825  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0595  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.74 
 
 
328 aa  248  2e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3560  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.03 
 
 
357 aa  246  4e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18480  putative translation initiation factor, aIF-2BI family  44.63 
 
 
355 aa  245  8e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0224403  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4317  translation initiation factor, aIF-2BI family  51.94 
 
 
339 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2312  translation initiation factor, aIF-2BI family  47.26 
 
 
378 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0846  methylthioribose-1-phosphate isomerase  40.8 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1643  translation initiation factor  44.79 
 
 
344 aa  243  3.9999999999999997e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.226672  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2877  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  45.97 
 
 
350 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0156  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  45.98 
 
 
354 aa  243  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.232234  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0494  translation initiation factor 2B subunit I  43.71 
 
 
332 aa  243  5e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.93452  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1992  translation initiation factor 2B subunit I  42.77 
 
 
348 aa  242  7e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4339  translation initiation factor, aIF-2BI family  51.34 
 
 
339 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1491  translation initiation factor, aIF-2BI family  46.24 
 
 
353 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626941  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4924  methylthioribose-1-phosphate isomerase  40.4 
 
 
348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.64519  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1647  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.34 
 
 
329 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1036  translation initiation factor, aIF-2BI family  47.31 
 
 
347 aa  239  6.999999999999999e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.313313  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0347  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.05 
 
 
347 aa  238  9e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0332  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.05 
 
 
348 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0319  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.41 
 
 
347 aa  238  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0999  aIF-2BI family translation initiation factor  42.69 
 
 
327 aa  238  1e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.260098  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0379  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.05 
 
 
348 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0639  aIF-2BI family translation initiation factor  43.66 
 
 
372 aa  238  1e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3646  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.92 
 
 
346 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1783  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.97 
 
 
353 aa  237  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3753  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.62 
 
 
346 aa  237  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1805  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.19 
 
 
354 aa  237  3e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3816  methylthioribose-1-phosphate isomerase  43.52 
 
 
350 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.732544 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0316  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.05 
 
 
348 aa  236  4e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0327  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.69 
 
 
348 aa  236  6e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0485  aIF-2BI family translation initiation factor  45.29 
 
 
353 aa  236  6e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646058  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0394  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.26 
 
 
348 aa  235  7e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1381  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.52 
 
 
362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.705402  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0403  translation initiation factor 2B subunit I  43.84 
 
 
344 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0169  aIF-2BI family translation initiation factor  40.94 
 
 
345 aa  233  3e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2269  translation initiation factor 2B subunit I  39.94 
 
 
349 aa  233  3e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1355  initiation factor 2B alpha/beta/delta  39.71 
 
 
376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.232366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>