238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1766 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1766  methylthioribose-1-phosphate isomerase  100 
 
 		 358 aa  717    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1373  methylthioribose-1-phosphate isomerase  90.78 
 
 		 358 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3948  methylthioribose-1-phosphate isomerase  96.09 
 
 		 358 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0029579  normal  0.0349514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1357  methylthioribose-1-phosphate isomerase  94.69 
 
 		 358 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4079  methylthioribose-1-phosphate isomerase  74.86 
 
 		 358 aa  524  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256868 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15800  methylthioribose-1-phosphate isomerase  72.91 
 
 		 358 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23250  methylthioribose-1-phosphate isomerase  70.39 
 
 		 358 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0078361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1960  methylthioribose-1-phosphate isomerase  70.39 
 
 		 358 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1744  initiation factor 2 subunit family  71.23 
 
 		 358 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3648  methylthioribose-1-phosphate isomerase  71.23 
 
 		 365 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.295966  normal  0.479816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1847  methylthioribose-1-phosphate isomerase  68.99 
 
 		 358 aa  481  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0721435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2493  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  54.95 
 
 		 351 aa  341  1e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1534  translation initiation factor, aIF-2BI family  53.26 
 
 		 348 aa  335  5.999999999999999e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00735  methylthioribose-1-phosphate isomerase  51.75 
 
 		 354 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214802  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2293  initiation factor 2B alpha/beta/delta  51.88 
 
 		 348 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0573  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  54.18 
 
 		 354 aa  307  2.0000000000000002e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1974  initiation factor 2 subunit family protein  53.54 
 
 		 352 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.299766  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2124  methylthioribose-1-phosphate isomerase  50.88 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.369854  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2043  methylthioribose-1-phosphate isomerase  50.29 
 
 		 354 aa  300  3e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1203  translation initiation factor, aIF-2BI family  50.29 
 
 		 358 aa  300  4e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0254  aIF-2BI family translation initiation factor  47.98 
 
 		 346 aa  298  8e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1519  aIF-2BI family translation initiation factor  45.66 
 
 		 350 aa  291  1e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.889993  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1360  translation initiation factor, aIF-2BI family  43.99 
 
 		 342 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0559648  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2579  methylthioribose-1-phosphate isomerase  52.48 
 
 		 354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6765  translation initiation factor, aIF-2BI family  48.08 
 
 		 369 aa  281  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0913  translation initiation factor 2B subunit I  54.49 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.659043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  45.22 
 
 		 343 aa  278  1e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570831  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2064  aIF-2BI family translation initiation factor  47.86 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000777983  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  45.22 
 
 		 343 aa  278  1e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.339634  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0810  aIF-2BI family translation initiation factor  44.54 
 
 		 349 aa  275  8e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0893  translation initiation factor, putative, aIF-2BI family  49.56 
 
 		 350 aa  272  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.592347  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1015  translation initiation factor, aIF-2BI family  49.56 
 
 		 350 aa  272  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.253315  unclonable  0.0000000000388932 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3596  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.32 
 
 		 346 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.82629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4322  aIF-2BI family translation initiation factor  44.93 
 
 		 346 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.394096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0072  translation initiation factor 2B subunit I  45.48 
 
 		 346 aa  263  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.25912 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0929  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.04 
 
 		 344 aa  262  6e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.119435  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3544  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.9 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0621  translation initiation factor 2B subunit I  43.7 
 
 		 342 aa  261  1e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0997628  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0648  aIF-2BI family translation initiation factor  48.15 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674044  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3749  putative translation initiation factor, aIF-2BI/5-methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.93 
 
 		 354 aa  260  3e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3379  aIF-2BI family translation initiation factor  45.32 
 
 		 346 aa  259  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3765  translation initiation factor, aIF-2BI family  47.85 
 
 		 345 aa  259  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0692423  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1175  translation initiation factor 2B subunit I  43.39 
 
 		 354 aa  259  5.0000000000000005e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2235  translation initiation factor, aIF-2BI family  46.11 
 
 		 350 aa  259  6e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2078  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.9 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.424406 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0503  translation initiation factor, aIF-2BI family  46.13 
 
 		 350 aa  257  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0076  translation initiation factor 2B subunit I  46.63 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4334  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  49.7 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1881  aIF-2BI family translation initiation factor  44.09 
 
 		 345 aa  256  4e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2170  aIF-2BI family translation initiation factor  49.58 
 
 		 344 aa  256  6e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4687  methylthioribose-1-phosphate isomerase  42.4 
 
 		 350 aa  255  8e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0419  translation initiation factor 2B subunit I family (IF-2BI)  41.96 
 
 		 347 aa  255  9e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.04546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0676  translation initiation factor, aIF-2BI family  42.2 
 
 		 339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0103604  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2717  methylthioribose-1-phosphate isomerase  46.29 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.143544  normal  0.136837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3396  methylthioribose-1-phosphate isomerase  46.29 
 
 		 349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0595  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.98 
 
 		 328 aa  252  9.000000000000001e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0846  methylthioribose-1-phosphate isomerase  41.67 
 
 		 356 aa  251  9.000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1944  translation initiation factor 2B subunit I  45.67 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00466755  normal  0.570212 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0191  translation initiation factor, aIF-2BI family  44.91 
 
 		 348 aa  251  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4317  translation initiation factor, aIF-2BI family  51.04 
 
 		 339 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_459  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.84 
 
 		 332 aa  250  3e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.14852  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0510  aIF-2BI family translation initiation factor  44.71 
 
 		 346 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0964  translation initiation factor, aIF-2BI family  49.85 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.518904  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4339  translation initiation factor, aIF-2BI family  50.74 
 
 		 339 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1643  translation initiation factor  45.4 
 
 		 344 aa  249  5e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.226672  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0518  aIF-2BI family translation initiation factor  44.84 
 
 		 334 aa  249  6e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.294825  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2312  translation initiation factor, aIF-2BI family  47.56 
 
 		 378 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0779  S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase  42.86 
 
 		 346 aa  248  1e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.404257  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2877  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  45.97 
 
 		 350 aa  247  2e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18480  putative translation initiation factor, aIF-2BI family  44.92 
 
 		 355 aa  248  2e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0224403  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3560  translation initiation factor, aIF-2BI family  43.35 
 
 		 357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1992  translation initiation factor 2B subunit I  42.49 
 
 		 348 aa  246  6e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2613  translation initiation factor, aIF-2BI family  39.09 
 
 		 349 aa  245  9.999999999999999e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3816  methylthioribose-1-phosphate isomerase  44.09 
 
 		 350 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.732544 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0494  translation initiation factor 2B subunit I  43.71 
 
 		 332 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.93452  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0999  aIF-2BI family translation initiation factor  42.69 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.260098  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1647  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.03 
 
 		 329 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0156  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  45.4 
 
 		 354 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.232234  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3753  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.06 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3646  translation initiation factor, aIF-2BI family  44.93 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1783  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.97 
 
 		 353 aa  240  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1036  translation initiation factor, aIF-2BI family  46.71 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.313313  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1491  translation initiation factor, aIF-2BI family  45.66 
 
 		 353 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626941  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1381  translation initiation factor, aIF-2BI family  42.11 
 
 		 362 aa  238  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.705402  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1355  initiation factor 2B alpha/beta/delta  40.29 
 
 		 376 aa  238  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.232366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4186  translation initiation factor 2B subunit I  50.15 
 
 		 339 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1805  translation initiation factor, aIF-2BI family  41.31 
 
 		 354 aa  237  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4098  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.3 
 
 		 351 aa  237  3e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.463174  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2173  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  42.7 
 
 		 366 aa  237  3e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0485  aIF-2BI family translation initiation factor  44.35 
 
 		 353 aa  236  4e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0403  translation initiation factor 2B subunit I  43.27 
 
 		 344 aa  235  9e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0639  aIF-2BI family translation initiation factor  44.08 
 
 		 372 aa  235  9e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4159  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39 
 
 		 351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.109098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3942  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39 
 
 		 351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4251  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39 
 
 		 351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0703  translation initiation factor 2B subunit I  42.49 
 
 		 351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000787843 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3774  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.7 
 
 		 351 aa  233  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3789  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39 
 
 		 351 aa  233  3e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.700016  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4053  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.7 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1186  translation initiation factor, aIF-2BI family  48.51 
 
 		 345 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000144196  normal  0.031954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>