167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3618 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3618  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0024  hypothetical protein  62.81 
 
 		 338 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  61.88 
 
 		 340 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0046  hypothetical protein  62.7 
 
 		 332 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000145841  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3502  hypothetical protein  48.41 
 
 		 332 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0011  hypothetical protein  57.51 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  50 
 
 		 319 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3276  hypothetical protein  48.38 
 
 		 332 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0014369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5038  hypothetical protein  46.48 
 
 		 333 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00557373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2633  hypothetical protein  48.58 
 
 		 317 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.390769 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3263  hypothetical protein  49.84 
 
 		 317 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2497  hypothetical protein  49.84 
 
 		 317 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24810  hypothetical protein  54.9 
 
 		 316 aa  264  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261139  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2286  integral membrane protein-like protein  46.71 
 
 		 326 aa  258  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.042451  hitchhiker  0.0000479445 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1279  hypothetical protein  46.36 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.408469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  45.36 
 
 		 318 aa  255  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0846  inner membrane protein YbhN  46.69 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0959  inner membrane protein YbhN  46.36 
 
 		 320 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.262362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0874  inner membrane protein YbhN  46.36 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0938  hypothetical protein  46.36 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.592392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0906  inner membrane protein YbhN  46.36 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.409444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0842  hypothetical protein  44.7 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2564  hypothetical protein  44.7 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2854  conserved hypothetical protein  44.7 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.552583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0936  hypothetical protein  45.03 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0852  hypothetical protein  44.7 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.9195  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2855  hypothetical protein  44.7 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00195846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00755  conserved inner membrane protein  44.37 
 
 		 318 aa  242  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00772  hypothetical protein  44.37 
 
 		 318 aa  242  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36700  hypothetical protein  52.51 
 
 		 331 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3152  hypothetical protein  51.6 
 
 		 331 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4608  hypothetical protein  41.18 
 
 		 321 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4300  hypothetical protein  42.59 
 
 		 386 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.234168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3009  hypothetical protein  44.08 
 
 		 349 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3726  hypothetical protein  43.58 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.478649  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1659  hypothetical protein  42.76 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  29.63 
 
 		 311 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  29.9 
 
 		 850 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  31.21 
 
 		 584 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  27.48 
 
 		 850 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  29.21 
 
 		 850 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  27.87 
 
 		 850 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  31.61 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  25.61 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  30.45 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  27.54 
 
 		 850 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  30.45 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  27.87 
 
 		 850 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  32.65 
 
 		 875 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  27.24 
 
 		 850 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  32.03 
 
 		 739 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  32.01 
 
 		 872 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  27.85 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  28.8 
 
 		 881 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  28.28 
 
 		 517 aa  104  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  30.71 
 
 		 516 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  31.58 
 
 		 864 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  29.87 
 
 		 356 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  29 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  29.49 
 
 		 368 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  32.51 
 
 		 844 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  25.26 
 
 		 313 aa  95.9  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  30.14 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  29.61 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  30.48 
 
 		 870 aa  94.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  26.09 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  31.47 
 
 		 844 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  26.8 
 
 		 393 aa  90.1  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  32.31 
 
 		 866 aa  90.1  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  25.96 
 
 		 692 aa  89  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  27.94 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  34.4 
 
 		 855 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  27.49 
 
 		 323 aa  86.3  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  27.49 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  29.93 
 
 		 867 aa  85.9  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  32.17 
 
 		 883 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  29.77 
 
 		 867 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  26.81 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  27.59 
 
 		 813 aa  84.3  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  26.84 
 
 		 350 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  30.27 
 
 		 869 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  28.76 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  31.96 
 
 		 877 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  31.96 
 
 		 877 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  28.22 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  27.21 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  28.3 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  26.84 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  26.84 
 
 		 350 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  31.52 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  31.52 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  27.99 
 
 		 351 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  27.36 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  26.8 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  26.82 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  26.82 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  27.97 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  30.65 
 
 		 896 aa  79.3  0.00000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  27.22 
 
 		 331 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  26.42 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>