167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1659 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1659  hypothetical protein  100 
 
 
337 aa  649    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  40.94 
 
 
318 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5038  hypothetical protein  42.64 
 
 
333 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00557373 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1279  hypothetical protein  41.07 
 
 
320 aa  239  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.408469  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0842  hypothetical protein  40.88 
 
 
318 aa  238  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2564  hypothetical protein  40.88 
 
 
318 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0852  hypothetical protein  40.88 
 
 
318 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.9195  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00755  conserved inner membrane protein  41.22 
 
 
318 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2854  conserved hypothetical protein  40.88 
 
 
318 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.552583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00772  hypothetical protein  41.22 
 
 
318 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2855  hypothetical protein  40.88 
 
 
318 aa  236  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00195846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0936  hypothetical protein  40.54 
 
 
318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0874  inner membrane protein YbhN  42.63 
 
 
320 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0938  hypothetical protein  42.63 
 
 
320 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.592392  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0906  inner membrane protein YbhN  42.63 
 
 
320 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.409444  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0846  inner membrane protein YbhN  42.63 
 
 
320 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0959  inner membrane protein YbhN  42.32 
 
 
320 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.262362  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3502  hypothetical protein  41.2 
 
 
332 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0024  hypothetical protein  43.3 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  40.51 
 
 
319 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2633  hypothetical protein  42.45 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.390769 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0046  hypothetical protein  48.92 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000145841  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3276  hypothetical protein  40.61 
 
 
332 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0014369  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  43.88 
 
 
340 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2497  hypothetical protein  42.17 
 
 
317 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3263  hypothetical protein  41.85 
 
 
317 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2286  integral membrane protein-like protein  40.89 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.042451  hitchhiker  0.0000479445 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4608  hypothetical protein  40.27 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4300  hypothetical protein  40.96 
 
 
386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.234168  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24810  hypothetical protein  45.95 
 
 
316 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261139  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3726  hypothetical protein  44.96 
 
 
355 aa  197  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.478649  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3152  hypothetical protein  47.64 
 
 
331 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0011  hypothetical protein  46.04 
 
 
323 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3009  hypothetical protein  44.19 
 
 
349 aa  192  9e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36700  hypothetical protein  46.55 
 
 
331 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3618  hypothetical protein  42.76 
 
 
333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  32.86 
 
 
311 aa  110  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  31.37 
 
 
317 aa  106  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  29.41 
 
 
320 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  29.41 
 
 
320 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  28.81 
 
 
881 aa  97.4  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  32.52 
 
 
896 aa  97.1  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  33.03 
 
 
872 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  24.45 
 
 
314 aa  93.2  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  27.72 
 
 
343 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  27.72 
 
 
343 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  29.93 
 
 
356 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  27.09 
 
 
312 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  26.46 
 
 
850 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  26.74 
 
 
351 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  26.38 
 
 
850 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  29.39 
 
 
368 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  27.19 
 
 
517 aa  85.9  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  32.24 
 
 
864 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  32.28 
 
 
844 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  25 
 
 
850 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  26.79 
 
 
516 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  28.9 
 
 
313 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  25 
 
 
850 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  24.64 
 
 
850 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  23.85 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  24.47 
 
 
850 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  29.74 
 
 
877 aa  82.8  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  25.17 
 
 
317 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  25.17 
 
 
317 aa  80.9  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  24.9 
 
 
850 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  24.05 
 
 
813 aa  79.3  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  32.03 
 
 
353 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  29.89 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  29.05 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  31.3 
 
 
393 aa  77.4  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  32.08 
 
 
363 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  32.37 
 
 
855 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  30 
 
 
364 aa  77  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  27.22 
 
 
362 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  25.17 
 
 
584 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  29.22 
 
 
864 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  32.5 
 
 
353 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  34.68 
 
 
883 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  29.83 
 
 
692 aa  74.7  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  29.05 
 
 
844 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  30.5 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  29.15 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  30.3 
 
 
850 aa  71.2  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  31.97 
 
 
739 aa  69.7  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  29.12 
 
 
340 aa  68.9  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  27.53 
 
 
869 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  28.81 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  28.09 
 
 
350 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2169  integral membrane protein-like protein  23.75 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  30.34 
 
 
864 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  28.51 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  30.21 
 
 
368 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  28.43 
 
 
867 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  30.65 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  27.76 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  33.21 
 
 
877 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  33.21 
 
 
877 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  29.57 
 
 
880 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  28.7 
 
 
351 aa  66.2  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.579853 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>