166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2286 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2286  integral membrane protein-like protein  100 
 
 		 326 aa  649    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.042451  hitchhiker  0.0000479445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  67.83 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2633  hypothetical protein  61.88 
 
 		 317 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.390769 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3263  hypothetical protein  63.34 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2497  hypothetical protein  63.67 
 
 		 317 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3502  hypothetical protein  55.88 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3276  hypothetical protein  56.01 
 
 		 332 aa  349  4e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0014369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5038  hypothetical protein  49.84 
 
 		 333 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00557373 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  49.84 
 
 		 318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2564  hypothetical protein  49.53 
 
 		 318 aa  291  9e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0852  hypothetical protein  49.21 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.9195  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2854  conserved hypothetical protein  48.9 
 
 		 318 aa  288  8e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.552583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2855  hypothetical protein  48.9 
 
 		 318 aa  288  8e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00195846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0936  hypothetical protein  48.58 
 
 		 318 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00755  conserved inner membrane protein  48.9 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00772  hypothetical protein  48.9 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0842  hypothetical protein  48.9 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0846  inner membrane protein YbhN  50 
 
 		 320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0938  hypothetical protein  49.68 
 
 		 320 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.592392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0906  inner membrane protein YbhN  49.68 
 
 		 320 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.409444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0959  inner membrane protein YbhN  49.68 
 
 		 320 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.262362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0874  inner membrane protein YbhN  49.68 
 
 		 320 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1279  hypothetical protein  47.95 
 
 		 320 aa  284  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.408469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0024  hypothetical protein  44.59 
 
 		 338 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36700  hypothetical protein  54.72 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24810  hypothetical protein  52.17 
 
 		 316 aa  264  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261139  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  46.45 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3152  hypothetical protein  54.75 
 
 		 331 aa  257  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0046  hypothetical protein  47.74 
 
 		 332 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000145841  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0011  hypothetical protein  45.78 
 
 		 323 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3618  hypothetical protein  46.71 
 
 		 333 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4608  hypothetical protein  40.67 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1659  hypothetical protein  41.58 
 
 		 337 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4300  hypothetical protein  36.59 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.234168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3009  hypothetical protein  37.11 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3726  hypothetical protein  38.31 
 
 		 355 aa  155  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.478649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  29.54 
 
 		 517 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  28.67 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  32.89 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  29.32 
 
 		 584 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  29.1 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  29.78 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  29.78 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  28.84 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  32.62 
 
 		 516 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  30.99 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  32.99 
 
 		 872 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  30.92 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  27.3 
 
 		 850 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  29.85 
 
 		 317 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  32.87 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  32.87 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  29.02 
 
 		 813 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  28.14 
 
 		 850 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  29.47 
 
 		 850 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  27.99 
 
 		 850 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  28.32 
 
 		 881 aa  109  5e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  27.8 
 
 		 850 aa  109  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  28.34 
 
 		 313 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  31.16 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  28.32 
 
 		 850 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  29.12 
 
 		 850 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  28.08 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  33.56 
 
 		 739 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  29.22 
 
 		 362 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  27.87 
 
 		 368 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  30.49 
 
 		 350 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  31.42 
 
 		 692 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  26.4 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  28.52 
 
 		 364 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  29.84 
 
 		 363 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0184  hypothetical protein  27.22 
 
 		 360 aa  99.4  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  31.99 
 
 		 864 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  29.24 
 
 		 353 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  26.32 
 
 		 368 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  33.21 
 
 		 896 aa  96.3  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  29.32 
 
 		 344 aa  96.3  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  30.23 
 
 		 350 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  31.62 
 
 		 844 aa  95.9  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  29.84 
 
 		 353 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  26.01 
 
 		 376 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  30.23 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  30.91 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  29.3 
 
 		 869 aa  93.2  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  26.69 
 
 		 393 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  28.01 
 
 		 351 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  30.26 
 
 		 844 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  27.27 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  27.27 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  26.92 
 
 		 344 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  26.47 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  26.47 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  28.92 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  26.86 
 
 		 871 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  26.82 
 
 		 870 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  27.3 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  26.86 
 
 		 871 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  28.77 
 
 		 867 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  29.56 
 
 		 855 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  28.42 
 
 		 867 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>