168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0012 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  100 
 
 
340 aa  670    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0024  hypothetical protein  70.36 
 
 
338 aa  464  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0046  hypothetical protein  62.74 
 
 
332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000145841  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3618  hypothetical protein  61.88 
 
 
333 aa  332  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0011  hypothetical protein  53.63 
 
 
323 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3502  hypothetical protein  47.71 
 
 
332 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  46.08 
 
 
318 aa  280  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  47.13 
 
 
319 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24810  hypothetical protein  54.43 
 
 
316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.261139  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1279  hypothetical protein  45.42 
 
 
320 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.408469  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3276  hypothetical protein  46.79 
 
 
332 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0014369  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0842  hypothetical protein  45.42 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2854  conserved hypothetical protein  45.42 
 
 
318 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.552583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0852  hypothetical protein  45.42 
 
 
318 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.9195  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2855  hypothetical protein  45.42 
 
 
318 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00195846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0936  hypothetical protein  45.1 
 
 
318 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00755  conserved inner membrane protein  45.1 
 
 
318 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00772  hypothetical protein  45.1 
 
 
318 aa  263  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0846  inner membrane protein YbhN  47.71 
 
 
320 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0906  inner membrane protein YbhN  47.39 
 
 
320 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.409444  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0959  inner membrane protein YbhN  47.39 
 
 
320 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.262362  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0874  inner membrane protein YbhN  47.39 
 
 
320 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2564  hypothetical protein  45.1 
 
 
318 aa  263  4e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0938  hypothetical protein  47.39 
 
 
320 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.592392  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5038  hypothetical protein  47.67 
 
 
333 aa  262  6e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00557373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2633  hypothetical protein  49.17 
 
 
317 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.390769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2497  hypothetical protein  48.87 
 
 
317 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3263  hypothetical protein  48.55 
 
 
317 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2286  integral membrane protein-like protein  46.45 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.042451  hitchhiker  0.0000479445 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4608  hypothetical protein  40.31 
 
 
321 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36700  hypothetical protein  51.32 
 
 
331 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3152  hypothetical protein  49.05 
 
 
331 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4300  hypothetical protein  40.95 
 
 
386 aa  216  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.234168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3009  hypothetical protein  41.38 
 
 
349 aa  192  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3726  hypothetical protein  41.38 
 
 
355 aa  192  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.478649  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1659  hypothetical protein  43.64 
 
 
337 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  29.39 
 
 
584 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  30.6 
 
 
311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  27.02 
 
 
314 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  31.29 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  31.42 
 
 
356 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  30.3 
 
 
317 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  32.14 
 
 
368 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  36.47 
 
 
739 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  30.42 
 
 
312 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  30.46 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  30.46 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  28.15 
 
 
517 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  26.19 
 
 
850 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  27.03 
 
 
850 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  28.19 
 
 
313 aa  110  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  27.37 
 
 
313 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  31.05 
 
 
320 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  29.05 
 
 
881 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  30.48 
 
 
368 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  32.84 
 
 
872 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  30.26 
 
 
875 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  35.22 
 
 
864 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  30.37 
 
 
317 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  34.82 
 
 
844 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  31.39 
 
 
516 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  26.01 
 
 
850 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  28.34 
 
 
364 aa  102  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  33.73 
 
 
896 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  26.99 
 
 
393 aa  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  27.99 
 
 
813 aa  100  4e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  29.14 
 
 
344 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  30 
 
 
317 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  30 
 
 
317 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  24.78 
 
 
362 aa  99  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  24.63 
 
 
343 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  30.51 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  24.63 
 
 
343 aa  99  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  29.52 
 
 
869 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  24.31 
 
 
850 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  31.98 
 
 
844 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  28.9 
 
 
363 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5268  hypothetical protein  29.8 
 
 
344 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  30.3 
 
 
353 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  32.68 
 
 
855 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  28.48 
 
 
870 aa  95.9  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  29.43 
 
 
315 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  28.48 
 
 
351 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  30.17 
 
 
867 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  30.51 
 
 
867 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  23.61 
 
 
850 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  30.85 
 
 
877 aa  91.3  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  31.02 
 
 
329 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  29.04 
 
 
344 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  28.3 
 
 
368 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  28.1 
 
 
344 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  28.47 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  24.4 
 
 
850 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  28.47 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  26.86 
 
 
692 aa  88.6  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  23.26 
 
 
850 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  27.65 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  27.76 
 
 
339 aa  87  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  24.92 
 
 
351 aa  87  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  29.55 
 
 
866 aa  86.7  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>