140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1967 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1967  GLCG protein  100 
 
 		 137 aa  278  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.282053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1796  protein of unknown function DUF336  87.59 
 
 		 137 aa  245  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240895  normal  0.714082 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2120  protein of unknown function DUF336  87.59 
 
 		 137 aa  245  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.309036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0603  hypothetical protein  71.43 
 
 		 135 aa  188  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2824  hypothetical protein  69.92 
 
 		 135 aa  181  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1258  hypothetical protein  69.92 
 
 		 134 aa  180  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3315  hypothetical protein  70.68 
 
 		 135 aa  178  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173463  normal  0.388949 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2410  hypothetical protein  70.68 
 
 		 135 aa  175  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.834158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1438  protein of unknown function DUF336  70.68 
 
 		 135 aa  175  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2572  hypothetical protein  67.67 
 
 		 135 aa  174  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0331856  decreased coverage  0.000119045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0200  hypothetical protein  64.66 
 
 		 146 aa  174  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.27391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2239  hypothetical protein  68.42 
 
 		 135 aa  173  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2775  hypothetical protein  66.92 
 
 		 135 aa  168  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1253  protein of unknown function DUF336  69.92 
 
 		 135 aa  168  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.173043  normal  0.635947 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6395  protein of unknown function DUF336  66.39 
 
 		 134 aa  167  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1978  protein of unknown function DUF336  66.39 
 
 		 134 aa  167  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.72681  normal  0.810178 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3070  hypothetical protein  66.17 
 
 		 135 aa  166  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0964642  normal  0.308183 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3334  hypothetical protein  60.9 
 
 		 135 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126632  hitchhiker  0.00217166 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2281  hypothetical protein  69.17 
 
 		 135 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134622  normal  0.0127263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3558  glcG protein  60.45 
 
 		 135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00214965  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3055  hypothetical protein  65.41 
 
 		 139 aa  161  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4626  hypothetical protein  64.66 
 
 		 141 aa  160  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000345923 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6609  hypothetical protein  66.39 
 
 		 138 aa  158  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2222  hypothetical protein  66.92 
 
 		 134 aa  158  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0174781 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43300  glyoxylate glcG protein  65.83 
 
 		 121 aa  157  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.384329  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2015  hypothetical protein  62.3 
 
 		 132 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6129  GlcG protein  65.89 
 
 		 133 aa  158  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3748  hypothetical protein  61.48 
 
 		 132 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0030  hypothetical protein  61.48 
 
 		 134 aa  155  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5191  hypothetical protein  59.4 
 
 		 134 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4941  hypothetical protein  62.41 
 
 		 134 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0453333 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5668  hypothetical protein  59.4 
 
 		 134 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0420818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1803  protein of unknown function DUF336  63.16 
 
 		 135 aa  156  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.632219  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5494  hypothetical protein  62.41 
 
 		 134 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.561658  hitchhiker  0.000385324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2199  hypothetical protein  60.66 
 
 		 133 aa  154  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242427  normal  0.47542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70650  putative GlcG protein  65.12 
 
 		 133 aa  152  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1953  hypothetical protein  59.26 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.456694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2690  hypothetical protein  58.2 
 
 		 133 aa  148  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3190  hypothetical protein  59.4 
 
 		 134 aa  146  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4567  hypothetical protein  60.15 
 
 		 134 aa  146  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3055  hypothetical protein  62.5 
 
 		 138 aa  146  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170433 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02845  hypothetical protein  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.250473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0720  protein of unknown function DUF336  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02795  hypothetical protein  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.211483  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3149  hypothetical protein  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3436  hypothetical protein  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0724  hypothetical protein  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3254  hypothetical protein  59.83 
 
 		 134 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0885  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.916752  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1925  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1744  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0010  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0610  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0512  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0910  glcG protein  63.11 
 
 		 136 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2031  glcG protein  62.3 
 
 		 136 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2156  hypothetical protein  61.48 
 
 		 132 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0998153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2303  hypothetical protein  61.48 
 
 		 132 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1295  protein of unknown function DUF336  53.77 
 
 		 143 aa  114  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7427  hypothetical protein  44.78 
 
 		 147 aa  100  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0942476  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2518  protein of unknown function DUF336  47.37 
 
 		 158 aa  97.1  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752864  normal  0.0269404 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3070  hypothetical protein  47.45 
 
 		 164 aa  95.5  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2442  protein of unknown function DUF336  47.57 
 
 		 135 aa  94.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0309341 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0738  hypothetical protein  45.93 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0771443  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4028  hypothetical protein  37.7 
 
 		 165 aa  80.5  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.586797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0542  hypothetical protein  34.85 
 
 		 170 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7347  hypothetical protein  43 
 
 		 175 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.238753  normal  0.774723 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1162  protein of unknown function DUF336  39.42 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1208  hypothetical protein  37.4 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.315194  normal  0.520878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3164  hypothetical protein  36.04 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2812  hypothetical protein  32.23 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6208  protein of unknown function DUF336  34.65 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4093  hypothetical protein  33.86 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.305662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0432  hypothetical protein  37.3 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4893  putative glcG protein  30.37 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2088  hypothetical protein  30.53 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.9046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2606  protein of unknown function DUF336  30 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.982086  normal  0.117603 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1036  protein of unknown function DUF336  32.06 
 
 		 159 aa  53.9  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47070  hypothetical protein  34.88 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0282  protein of unknown function DUF336  34.82 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2446  hypothetical protein  30.15 
 
 		 174 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.299929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1678  ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase  34.51 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1173  hypothetical protein  32.8 
 
 		 167 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3788  hypothetical protein  35.45 
 
 		 142 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000219123  hitchhiker  0.00248282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2228  hypothetical protein  33.61 
 
 		 160 aa  51.2  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.663673 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1340  hypothetical protein  32.09 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107341 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3856  hypothetical protein  41.76 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.515837  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3357  hypothetical protein  33.59 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1471  hypothetical protein  37.23 
 
 		 133 aa  48.9  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.641901  normal  0.737997 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46720  hypothetical protein  36.45 
 
 		 163 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177196  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4352  hypothetical protein  31.86 
 
 		 159 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2753  hypothetical protein  35.11 
 
 		 165 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2459  protein of unknown function DUF336  33.33 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4527  protein of unknown function DUF336  31.65 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4277  hypothetical protein  32.09 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391186  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1323  hypothetical protein  33.58 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.414702  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4158  hypothetical protein  31.65 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.693386 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08750  hypothetical protein  29.58 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4670  protein of unknown function DUF336  32.37 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6928  protein of unknown function DUF336  31.65 
 
 		 144 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0574265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>