171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3748 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3748  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  261  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2015  hypothetical protein  98.48 
 
 		 132 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2156  hypothetical protein  94.21 
 
 		 132 aa  212  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0998153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2199  hypothetical protein  85.12 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242427  normal  0.47542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0200  hypothetical protein  75 
 
 		 146 aa  202  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.27391 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43300  glyoxylate glcG protein  79.34 
 
 		 121 aa  197  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.384329  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3558  glcG protein  69.7 
 
 		 135 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00214965  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3334  hypothetical protein  68.94 
 
 		 135 aa  186  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126632  hitchhiker  0.00217166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2303  hypothetical protein  76.86 
 
 		 132 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1978  protein of unknown function DUF336  66.94 
 
 		 134 aa  169  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.72681  normal  0.810178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6395  protein of unknown function DUF336  66.94 
 
 		 134 aa  169  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1967  GLCG protein  61.65 
 
 		 137 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.282053 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6609  hypothetical protein  63.64 
 
 		 138 aa  164  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02845  hypothetical protein  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.250473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0720  protein of unknown function DUF336  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02795  hypothetical protein  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.211483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0724  hypothetical protein  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3254  hypothetical protein  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3149  hypothetical protein  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3436  hypothetical protein  64.66 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1796  protein of unknown function DUF336  59.4 
 
 		 137 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240895  normal  0.714082 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2120  protein of unknown function DUF336  59.4 
 
 		 137 aa  159  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.309036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70650  putative GlcG protein  69.17 
 
 		 133 aa  158  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6129  GlcG protein  66.17 
 
 		 133 aa  157  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5191  hypothetical protein  66.96 
 
 		 134 aa  157  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5668  hypothetical protein  66.96 
 
 		 134 aa  157  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0420818 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2222  hypothetical protein  68.18 
 
 		 134 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0174781 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4941  hypothetical protein  65.25 
 
 		 134 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0453333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5494  hypothetical protein  61.72 
 
 		 134 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.561658  hitchhiker  0.000385324 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1258  hypothetical protein  61.65 
 
 		 134 aa  152  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0030  hypothetical protein  66.96 
 
 		 134 aa  149  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0603  hypothetical protein  54.89 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3190  hypothetical protein  67.24 
 
 		 134 aa  146  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4567  hypothetical protein  66.96 
 
 		 134 aa  146  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335545 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3315  hypothetical protein  65.09 
 
 		 135 aa  144  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173463  normal  0.388949 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2824  hypothetical protein  59.4 
 
 		 135 aa  144  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2690  hypothetical protein  57.85 
 
 		 133 aa  143  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2572  hypothetical protein  54.89 
 
 		 135 aa  142  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0331856  decreased coverage  0.000119045 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2410  hypothetical protein  63.89 
 
 		 135 aa  141  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.834158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1438  protein of unknown function DUF336  63.89 
 
 		 135 aa  141  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1953  hypothetical protein  55.3 
 
 		 135 aa  140  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.456694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2239  hypothetical protein  58.65 
 
 		 135 aa  140  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4626  hypothetical protein  62.96 
 
 		 141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000345923 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1253  protein of unknown function DUF336  56.39 
 
 		 135 aa  137  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.173043  normal  0.635947 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2281  hypothetical protein  61.65 
 
 		 135 aa  135  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134622  normal  0.0127263 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2775  hypothetical protein  54.14 
 
 		 135 aa  135  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3055  hypothetical protein  52.63 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3070  hypothetical protein  62.04 
 
 		 135 aa  134  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0964642  normal  0.308183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1803  protein of unknown function DUF336  60.19 
 
 		 135 aa  133  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.632219  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3055  hypothetical protein  57.89 
 
 		 138 aa  125  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170433 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0885  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.916752  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1925  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1744  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0010  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0610  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0512  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0910  glcG protein  51.24 
 
 		 136 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2031  glcG protein  49.59 
 
 		 136 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2442  protein of unknown function DUF336  57.43 
 
 		 135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0309341 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1295  protein of unknown function DUF336  52.38 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2518  protein of unknown function DUF336  53.47 
 
 		 158 aa  103  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752864  normal  0.0269404 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7427  hypothetical protein  42.86 
 
 		 147 aa  100  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0942476  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0738  hypothetical protein  46.73 
 
 		 136 aa  99.4  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0771443  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3070  hypothetical protein  47.58 
 
 		 164 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4028  hypothetical protein  42.02 
 
 		 165 aa  84.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.586797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1162  protein of unknown function DUF336  42.16 
 
 		 166 aa  80.9  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0542  hypothetical protein  42.15 
 
 		 170 aa  80.1  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7347  hypothetical protein  39.39 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.238753  normal  0.774723 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6208  protein of unknown function DUF336  42.45 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4093  hypothetical protein  42.45 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.305662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4277  hypothetical protein  40 
 
 		 150 aa  71.2  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391186  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2088  hypothetical protein  38.61 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.9046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2812  hypothetical protein  34.68 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3164  hypothetical protein  42.45 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0282  protein of unknown function DUF336  42.34 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4893  putative glcG protein  33.33 
 
 		 143 aa  67.4  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1340  hypothetical protein  39.42 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107341 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0432  hypothetical protein  45.61 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2606  protein of unknown function DUF336  32.82 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.982086  normal  0.117603 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1208  hypothetical protein  37.3 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.315194  normal  0.520878 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3107  protein of unknown function DUF336  35.85 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000176566  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3788  hypothetical protein  36.04 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000219123  hitchhiker  0.00248282 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1173  hypothetical protein  37.07 
 
 		 167 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1323  hypothetical protein  38.21 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.02027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08750  hypothetical protein  37.93 
 
 		 149 aa  60.5  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0677  protein of unknown function DUF336  36.8 
 
 		 139 aa  60.1  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2769  hypothetical protein  35.71 
 
 		 133 aa  60.1  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.816644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7748  protein of unknown function DUF336  37.17 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4670  protein of unknown function DUF336  34.96 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4527  protein of unknown function DUF336  34.96 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4158  hypothetical protein  34.96 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.693386 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3856  hypothetical protein  41.49 
 
 		 143 aa  57  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.515837  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1678  ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase  37.27 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3357  hypothetical protein  34.09 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0950  protein of unknown function DUF336  41.46 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47070  hypothetical protein  35.43 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1276  hypothetical protein  33.88 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6724  hypothetical protein  35.25 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3305  hypothetical protein  40.5 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3181  hypothetical protein  36 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>