More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2702 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.83 
 
 
341 aa  662    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.01104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2702  ABC oligo/dipeptide transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
341 aa  672    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200201  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.57 
 
 
328 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.010472  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.67 
 
 
363 aa  432  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.868873  normal  0.378182 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.36 
 
 
369 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.189691  hitchhiker  0.00140188 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 
350 aa  384  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.137235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.66 
 
 
345 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.044169  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
337 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.120161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  32.36 
 
 
337 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
313 aa  158  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0156  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.48 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.383247  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
336 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  33.72 
 
 
336 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
317 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189193  normal  0.0388452 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
317 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.11732  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.43 
 
 
336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.43 
 
 
336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0250  peptide ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  32.85 
 
 
336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  33.14 
 
 
336 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.82 
 
 
336 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.85 
 
 
336 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
317 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
317 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
317 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367401  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  34.01 
 
 
336 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  32.37 
 
 
336 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.01 
 
 
336 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  34.01 
 
 
336 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  29.6 
 
 
336 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
324 aa  149  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  hitchhiker  0.00239439 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1527  nickel-transporting ATPase  33.04 
 
 
338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0353588 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.66 
 
 
338 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.66 
 
 
338 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.66 
 
 
338 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.66 
 
 
338 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  31.98 
 
 
336 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
317 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
306 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  32.27 
 
 
336 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.12 
 
 
334 aa  142  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
321 aa  142  7e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
305 aa  142  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
313 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  30.75 
 
 
339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  30.75 
 
 
339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.725204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.79 
 
 
336 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.692549  normal  0.354058 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
334 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.43 
 
 
313 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
307 aa  139  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  29.58 
 
 
321 aa  139  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
306 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
334 aa  139  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  32.06 
 
 
324 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
319 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000244558 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  32.56 
 
 
336 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
336 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
334 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
315 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  30.52 
 
 
336 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  31.67 
 
 
318 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.270371  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  29.79 
 
 
313 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  28.7 
 
 
321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1923  ABC transporter permease  31.95 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887437  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  30.46 
 
 
339 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  29.2 
 
 
306 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
318 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
318 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5663  ABC transporter membrane spanning protein  33.04 
 
 
318 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  29.94 
 
 
336 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  29.94 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  29.94 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.47 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.64 
 
 
326 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
334 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.53 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  29.94 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  26.74 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  25.66 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.04 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.04 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000749118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  30.41 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.27 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  29.53 
 
 
334 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>