More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0887 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
313 aa  608  1e-173  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
319 aa  264  1e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000244558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
319 aa  264  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.692549  normal  0.354058 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
320 aa  251  8.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
315 aa  247  2e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.301395  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
315 aa  233  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  40.63 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
316 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 
316 aa  211  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.68 
 
 
316 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.68 
 
 
316 aa  210  3e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.68 
 
 
316 aa  210  3e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  39.87 
 
 
313 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  39.05 
 
 
316 aa  208  8e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  39.5 
 
 
319 aa  208  8e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.14 
 
 
321 aa  208  8e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
314 aa  208  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.926588  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  35.83 
 
 
321 aa  207  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  39.5 
 
 
319 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
328 aa  207  2e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  39.37 
 
 
316 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.37 
 
 
316 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
319 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  37.26 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
319 aa  200  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
320 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2991  peptide ABC transporter, permease protein  37.38 
 
 
319 aa  199  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0556702  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
319 aa  197  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
319 aa  196  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
321 aa  195  8.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
319 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
316 aa  195  9e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
319 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
331 aa  192  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
313 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.46 
 
 
305 aa  192  8e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
322 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.19 
 
 
306 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
335 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238126  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3876  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  36.58 
 
 
336 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.28 
 
 
306 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  34.69 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
306 aa  189  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
313 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  35.82 
 
 
336 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  35.52 
 
 
336 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
318 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.54 
 
 
315 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
306 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
338 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.52 
 
 
336 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
306 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  35.22 
 
 
336 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
336 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.46 
 
 
306 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
306 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
305 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  34.19 
 
 
305 aa  185  8e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
336 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
336 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.13 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.73 
 
 
336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0156  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.83 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.383247  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.54 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  34.88 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.67 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.46 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.31 
 
 
315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5300  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.03 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340844  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
306 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  37.81 
 
 
325 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  35.14 
 
 
313 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
306 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  34.06 
 
 
326 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0250  peptide ABC transporter, permease protein  36.68 
 
 
318 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
313 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  34.33 
 
 
337 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
314 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.37 
 
 
325 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
322 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
306 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
306 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
306 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.31 
 
 
311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  33.23 
 
 
318 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  33.23 
 
 
318 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
335 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299286  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>